Legendarne krypty z naturalnie zmumifikowanymi ciałami fundatorów klasztoru i zakonników przyciągają tłumy krakowian i turystów. Zakonnicy zdecydowali się na udostępnienie krypt zwiedzającym, aby zebrać pieniądze na ratowanie podziemi, którym zagraża wilgoć. Zmarłych grzebano w podziemiach kościoła w XVII, XVIII i XIX w. Z ok. tysiąca mumii do dziś zachowało się tylko 70. W krypcie leży m.in. zmarły w 1726 r. syn fundatora kościoła św. Kazimierza, bp Franciszek Szembek oraz żołnierz napoleoński, który zginął w 1812 r. Mumie są bardzo dobrze zachowane ze względu na małą wilgotność powietrza. Jednak kilkanaście miesięcy temu w fundamenty dostały się wody gruntowe i od tego czasu wszystko zaczyna niszczeć. Katakumby u ojców reformatów można zwiedzać do końca wakacji. Są otwarte od poniedziałku do piątku. Za zwiedzanie można składać ofiary. Pieniądze zostaną przeznaczone na remont podziemi.