Od dwóch lat władze Bawarii wydają szkole pozwolenie na dalszą działalność jedynie na rok, po którym musi ona ponownie ubiegać się o jego przedłużenie. Obecnie minister Beckstein zapowiedział, że nie wyda takiej zgody. Dla szkoły oznacza to całkowitą likwidację. Beckstein tłumaczył, że powodem jego decyzji jest to, iż program Islamskiej Szkoły Niemieckiej jest ściśle powiązany z ekstremistyczną, islamską organizacją z Egiptu, której działalność została uznane przez niemiecki Urząd Ochrony Konstytucji za niebezpieczną dla kraju.