Został on latem oskarżony przez "Rzeczpospolitą", że był agentem SB. W zeszłym tygodniu Sąd Lustracyjny oczyścił go z zarzutów Abp. Józef Życiński: Lustratorzy, przeproście Przewoźnika Sposób, w jaki potraktowano w ostatnich miesiącach osobę [Andrzeja Przewoźnika], pozostanie dla przyszłych pokoleń smutnym świadectwem epoki. Świadczy on o braku elementarnej kultury środowisk, które w rozliczeniach z dziedzictwem PRL nie potrafią wyzwolić się ze stosowania metod równie żenujących jak dawne prowokacje SB. Ci wszyscy, którzy wnosili swój "wkład" do podobnych działań, kreując klimat sensacji i pomówień wokół Pańskiej osoby, powinni się zdobyć teraz na słowa wyraźnych przeprosin niosące nadzieję uniknięcia w przyszłości równie patologicznych zachowań. Oczekuję, iż wrażliwe moralnie środowiska dziennikarskie podejmą trud wnikliwej analitycznej refleksji, pytając, w jaki sposób demokratyczne media zamieniają ludzi uczciwych w agentów. Refleksja ta jest niezbędna, aby przeciwdziałać w przyszłości podobnym powtórkom z barbarzyństwa. Mamy bowiem do czynienia z nadzwyczaj poważną patologią wówczas, gdy w stronę uczciwych i odpowiedzialnych osób kieruje się zarzuty na podstawie przypadkowych zapisków sporządzanych przez byłych pracowników aparatu zakłamania, ci ostatni zaś zostają promowani do roli arbitrów sprawiedliwości i autorytetów moralnych. Kiedy pogoń za sensacyjnym newsem staje się ważniejsza od godności osoby ludzkiej, pojawia się głęboki kryzys kultury i moralności. Fragment listu abp. Życińskiego do Andrzeja Przewoźnika, 1 grudnia 2005 r. Jan Rokita: Arcybiskup po niesłusznej stronie Nie zgadzam się ze stanowiskiem politycznym arcybiskupa fundamentalnie: ten głos jest głosem za tym, żeby informacje pozostające w IPN pozostawały tajne, a ludzie dostawali wyłącznie opinie z wyroków sądowych. Jeśli w sprawie kogoś piastującego funkcje publiczne są w IPN informacje wskazujące na współpracę z komunistyczną służbą, policją za pieniądze, donoszenie na ludzi, to takie informacje powinny być znane. Informacje [o tym, że Przewoźnik współpracował z SB] są w archiwach IPN, natomiast Sąd Lustracyjny uznał, że to niewystarczające, by uznać Przewoźnika za agenta. Tak samo w sprawie prezydenta Szczecina [Mariana Jurczyka], posła Bentkowskiego [Aleksandra, PSL], w wielu sprawach tak było. Czyli jeśli coś jest w archiwach w IPN, powinno być jawne. Podnoszenie histerii na okoliczność, że zostały ujawnione archiwa IPN, jest złą sprawą.

I chcę powiedzieć abp. Życińskiemu, że w tej krucjacie prowadzonej w sprawie politycznej jest głęboko po niesłusznej stronie. To Pana kolega, pan Fijak, dał papiery w sprawie Przewoźnika "Rzeczpospolitej"? - Tak, jeden z moich współpracowników w Krakowie, który uczestniczył w pracach komisji weryfikacyjnej. Tak, wszystkie gazety o tym wiedzą. Wypowiedź w "Siódmym dniu tygodnia" w Radiu ZET, 4 grudnia Sąd Lustracyjny: Przewoźnik nie był agentem SB Sędzia Małgorzata Mojkowska, przewodnicząca składu orzekającego, w uzasadnieniu orzeczenia powiedziała: - Materiał dowodowy z IPN, przedstawiony Sądowi Lustracyjnemu, w żaden sposób nie wskazał na to, iż Andrzej Przewoźnik na którymkolwiek etapie - od 1987 r. do momentu wyrejestrowania rzekomego tajnego współpracownika o pseud. "Łukasz" z ewidencji - takim współpracownikiem był. Nie ma żadnych materiałów, nawet ustnych, żeby Andrzej Przewoźnik zobowiązał się do współpracy. Wręcz przeciwnie, wykazał, że takiej współpracy nie chce podjąć. Najbardziej przykre w tej całej sprawie jest to, że w oparciu o pismo, którego prawdziwości zaprzeczył sam autor [kapral SB Paweł Kosiba], podniesiono okoliczności, które osobę Andrzeja Przewoźnika postawiły w bardzo złym świetle. Kosiba tymczasem powiedział, iż napisał to pismo jedynie po to, by zostać pozytywnie zweryfikowany na początku lat 90. do dalszej służby w policji. Wyciek Fijaka zablokował kandydaturę Przewoźnika na szefa IPN Andrzeja Przewoźnika o współpracę z SB oskarżyła latem tego roku "Rzeczpospolita". Przewoźnik był wówczas wymieniany jako jeden z kandydatów na szefa IPN. Dowodem współpracy z SB miała być notatka kaprala SB Pawła Kosiby z 1990 r., że Przewoźnik był jego agentem. Przed sądem Kosiba zeznał, że napisał nieprawdę. Inni esbecy zeznali przed sądem, że zdarzały się rejestracje agentów "na wyrost", "dla statystyk". Notatkę Kosiby wydostał z IPN Zbigniew Fijak, bliski współpracownik Jana Rokity, i przekazał ją dziennikarzom. Publikacja "Rz" stała się wystarczającym powodem dla większości członków Kolegium IPN, by odrzucić kandydaturę Przewoźnika na szefa Instytutu.