Pytany, kiedy Komisja zakończy prace, Miller powiedział, że chce, aby nastąpiło to jak najszybciej. "Większość problemów jest zidentyfikowana, teraz trzeba tylko znaleźć takie rozwiązanie, które obie strony zaakceptują" - powiedział szef MSWiA. Odniósł się w ten sposób do spekulacji mediów, według których komisja jeszcze w tym roku ma zakończyć prace.

Komisja Majątkowa działa na podstawie ustawy z 1989 r. W jej skład wchodzi 12 osób: po sześciu przedstawicieli rządu i Episkopatu. Komisja zajmuje się zwrotem majątków, które zgodnie z ustawą z 1950 r. nie podlegały nacjonalizacji, gdyż nie przekraczały 50 hektarów. Często jednak były odbierane bez wystawiania pokwitowań.

Przez kilkanaście lat działania komisja rozstrzygnęła około 2,8 tys. spraw, jednak część z nich została załatwiona "w trybie nieuzgodnienia stanowiska" - nie osiągnięto porozumienia.

Pod koniec czerwca 2009 r. podczas posiedzenia Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu dokonano weryfikacji zasad działania Komisji Majątkowej. Najważniejsze zmiany to: uczestnictwo w postępowaniu o zwrot nieruchomości wojewody, na którego terenie się ona znajduje, a wyceny nieruchomości budzące wątpliwości będą przekazywane przez Komisję Majątkową stosownym organizacjom rzeczoznawców majątkowych.

Na rozpatrzenie przez Trybunał Konstytucyjny czeka wniosek w sprawie komisji, który przygotował klub Lewicy. Według Lewicy, ustawa o stosunku państwa do Kościoła, na podstawie której działa komisja, narusza m.in. prawo do sądu i zasadę sprawiedliwości społecznej, bo np. od orzeczeń komisji nie ma odwołania.