Chrzcielnica z Hagia Sophia to wykuta w bloku marmuru niecka o pojemności około 12 metrów sześciennych. Według naukowców, wykonano ją jeszcze przed VI wiekiem i od tego czasu przez wieki służyła do zbiorowych chrztów. Jak twierdzi dyrektor Dursun, jest to największa bizantyjska chrzcielnica wykuta w jedynej tak wielkiej bryle marmuru, jaką kiedykolwiek znaleziono.

Do czasów bizantyjskich chrzcielnica stała w baptysterium, które przez Osmanów zamieniono na magazyn, a w późniejszym okresie zamieniono na grobowiec dla lokalnych dostojników. Wtedy to chrzcielnicę usunięto z kaplicy chrztu i zakopano w ziemi, dzięki czemu przez stulecia pozostawała w nienaruszonym stanie. Wykopano ją i poddano renowacji w związku z tym, że Stambuł jest w 2010 roku Europejskim Miastem Kultury.