W bazylice katedralnej w Pelplinie odbyły się 28 kwietnia uroczystości pogrzebowe pierwszego biskupa pelplińskiego Jana Bernarda Szlagi. Mszy św. przewodniczył abp Celestino Migliore, nuncjusz apostolski w Polsce. Katedrę, krużganki dawnego opactwa cysterskiego i plac katedralny wypełniły tysiące kapłanów i wiernych. Liturgię rozpoczęła poranna modlitwa psalmami – jutrznia.
Końcowe przemówienie wygłosił administrator diecezji pelplińskiej bp Wiesław Śmigiel. Przeczytał niektóre, z licznych telegramów kondolencyjnych, w tym od papieża Benedykta XVI, abp. Józefa Kowalczyka prymasa Polski i abp. Józefa Michalika, przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski.
Jako administrator diecezji, bp Śmigiel powiedział o żegnanym dzisiaj biskupie Szladze, że był „prawdziwym świadkiem żarliwej służby na rzecz Kościoła” a diecezja żegna go dzisiaj „ufna w Boże Miłosierdzie i pełna wdzięczności za dar jego posługi.
Posługa biskupa pelplińskiego, jak powiedział bp Śmigiel „stanowiła harmonijną syntezę nauczania i życia oraz promieniowała świadectwem miłości do diecezji”. Z testamentu zmarłego biskupa diecezjalnego przytoczył bp Śmigiel jego wdzięczność za „dar kapłaństwa, które miłuję”. Zmarły w ostatniej woli wyraził wdzięczność kapłanom za współpracę „w posłudze dla Ludu Bożego w spełnianiu posłania prawdy samego Chrystusa”. Bp Śmigiel wyliczył, że biskup Szlaga wyświęcił 311 kapłanów a rocznie pokonywał 60 tys. km po diecezji, w posłudze duszpasterskiej. Gościł też w 1999 roku Ojca Świętego Jana Pawła II.
Administrator diecezji nazwał zmarłego „gorliwym zarządcą, mistrzem słowa, prawdziwym intelektualistą, miłośnikiem liturgii i muzyki kościelnej, ale nade wszystko był dobrym pasterzem, ojcem o wielkim sercu, które przepełnione było miłością do Kościoła”.
Rotmistrz Waldemar Strzałkowski odczytał specjalny list od prezydenta RP, w którym Bronisław Komorowski napisał: „żegnamy dzisiaj wspaniałego duszpasterza, organizatora i działacza społecznego, znakomitego uczonego, patriotę zatroskanego o sprawy wspólnoty narodowej i lokalnej, a przede wszystkim świadka żywej wiary i poświęcenia w służbie Bogu i bliźnim”. Prezydent dodał, że „okres posługi duszpasterskiej Biskupa Jana Szlagi w diecezji Pelplińskiej uznać można za historyczny” i przypomniał, że zmarły biskup był odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski.
Ciało biskupa Jana Bernarda Szlagi spoczęło w katedrze pelplińskiej.
We wspomnieniach dla diecezjalnego Radia Głos abp Tadeusz Gocłowski, dawny metropolita gdański stwierdził, że bp Szlaga imponował mu jako niezwykły uczony, ale też jako człowiek o wielkiej duchowości i skromności. - Znakomicie podtrzymał tradycję diecezji chełmińskiej. Kiedy przyszedł tutaj do diecezji spokojnie włączał nowe ziemie do diecezji pelplińskiej zachowując dziedzictwo tradycji swoich poprzedników. Kochał liturgię. Taki pozostanie w mojej świadomości. Janie wspieraj nas z nieba” – powiedział abp Gocłowski.
Z kolei kard Józef Glemp zwrócił uwagę na „szeroką pracę dydaktyczną bp. Szlagi”. - Cieszył się sławą jako bardzo zdolny. Dla mnie był niezwykle skromny. Odnosił się z wielkim szacunkiem do innych. Pamiętam go jako człowieka niezwykłej dobroci. To był czwarty kapłan, którego konsekrowałem w Pelplinie” – wspominał kard. Glemp.
Biskup toruński Andrzej Suski wspominał zmarłego biskupa najpierw jako swojego kolegę ze studiów w Rzymie. - Bp Jan pokazywał swoje piękne duchowe oblicze, człowieka, który ufa Bogu. Był człowiekiem bardzo zdyscyplinowanym, uporządkowanym. Ten porządek wewnętrzny przekazał diecezji. To był wielki biskup” – stwierdził.
Uroczystość transmitowały: Radio Głos, Radio Maryja i Telewizja Trwam.
Na placu Żłobka przed bazyliką Narodzenia nie było tradycyjnej choinki ani świątecznych dekoracji.