Państwowa komisja ds. ochrony dzieci oskarżyła niedawno bp. Magee'ego, że niedostatecznie współpracował z władzami na rzecz wyjaśnienia przypadków pedofilii wśród księży w jego diecezji.
Biskup nadal pozostaje biskupem Cloyne, choć na jego prośbę Stolica Apostolska mianowała administratora apostolskiego tej południowoirlandzkiej diecezji. Został nim metropolita Cashel i Emly abp. Dermot Clifford. W oświadczeniu opublikowanym 7 marca na stronie irlandzkiego episkopatu czytamy, iż bp Magee poprosił o odsunięcie od obowiązków, by w pełni móc współpracować z państwowymi instytucjami na rzecz wyjaśnienia przypadków molestowania dzieci przez księży. Zadowolenie z powodu decyzji hierarchy wyraził prymas całej Irlandii kard. Seán Brady. Jego zdaniem, postawa bp. Magee’ego pokazuje, jak wielką wagę Kościół katolicki przykłada do ochrony dzieci. Bp Magee był osobistym sekretarzem Pawła VI, Jana Pawła I i Jana Pawła II przez pierwsze cztery lata jego pontyfikatu. W latach 1982-87 pełnił funkcję mistrza ceremonii papieskich. Od 1987 r. jest biskupem Cloyne.
Wzywa też, by powstrzymać się od "gwałtownych działań i reakcji".
W związku z tym władze intensyfikują ewakuację ludności cywilnej.