Jarosław Kalinowski i Marek Pol będą współprzewodniczyć kościelno-rządowym komisjom: Komisji Wspólnej i Komisji Konkordatowej. Jarosław Kalinowski obejmie funkcję współprzewodniczącego Komisji Wspólnej Rządu i Episkopatu. Jej zadaniem jest rozwiązywanie problemów związanych z relacjami państwo - Kościół oraz wprowadzanie w życie ustawy o stosunku państwa do Kościoła. Przewodniczącym ze strony Kościoła jest metropolita gdański abp Tadeusz Gocłowski, ponadto należą do niej: abp Józef Życiński, abp Zygmunt Kamiński, bp Tadeusz Pieronek i bp Piotr Libera.

Z kolei wicepremier Marek Pol został przewodniczącym Rządowej Komisji Konkordatowej. Jej zadaniem, wraz z Kościelną Komisją Konkordatową, jest czuwanie nad realizacją Konkordatu między Polską a Stolicą Apostolską, podpisanego w 1993 r., ratyfikowanego 5 lat później.

Komisja zajmowała się m.in. wprowadzeniem tzw. małżeństw konkordatowych. Z czasem powstały trzy zespoły robocze:

Pierwszy zajmował się ubezpieczeniami duchowieństwa i sprawami finansowymi.
Drugi zajmował się szkolnictwem, zwłaszcza katechezą w szkole i problemem uznania przez państwo tytułów naukowych nadanych na uczelniach kościelnych.
Trzeci zespół Komisji Konkordatowej zajmował się duszpasterstwem w szpitalach, więzieniach i domach poprawczych.
Oprócz tego Komisja zajmowała się bieżącymi problemami, jak kwestia osobowości prawnej podmiotów prawa kościelnego czy zniżek kolejowych dla pracowników niepaństwowych uczelni kościelnych. Na czele Kościelnej Komisji Konkordatowej stoi bp Tadeusz Pieronek, w jej skład wchodzą: bp Piotr Libera, abp Zygmunt Kamiński, ks. Witold Adamczewski SJ i ks. prof. Remigiusz Sobański.