Zgodnie z sięgającą XIII stulecia tradycją z Wawelu do sanktuarium św. Stanisława na Skałce przeszła procesja, w której wzięło udział kilkadziesiąt tysięcy osób, wśród nich kardynałowie Franciszek Macharski, Henryk Gulbinowicz, Marian Jaworski ze Lwowa i Kazimierz Świątek z Białorusi, ponad 30 biskupów i arcybiskupów, m.in. nuncjusz apostolski abp Józef Kowalczyk, księżą, zakonnice i zakonnicy, osoby świeckie. Wierni tradycji w procesji biorą udział członkowie bractw religijnych, ruchów i stowarzyszeń kościelnych, członkowie Bractwa Kurkowego, ubrani w kontusze i futrzane czapy, damy i kawalerowie maltańscy i Bożego Grobu, uczniowie szkół krakowskich, profesorowie krakowskich uczelni w togach, symbolizujących rozmaite wydziały, wierni z parafii ze sztandarami i feretronami, górale i mieszkańcy Żywiecczyzny w barwnych strojach ludowych, przedstawiciele cechów rzemieślniczych, w tym Korporacji Kominiarzy, górnicy i hutnicy w galowych strojach. Z wielką czcią niesione są relikwie świętych, przechowywane na co dzień w krakowskich kościołach, wśród których szczególne miejsce zajmuje relikwiarz z czaszką św. Stanisława z katedry wawelskiej, ufundowany przez królową Elżbietę, arcydzieło sztuki złotniczej. Odmawiając Litanię do Wszystkich Świętych, śpiewając pieśń `Święty Stanisławie, patronie nasz, opiekunie całek Ojczyzny` procesja doszła na Skałkę. Towarzyszyło jej bicie dzwonu Zygmunta.
Przed rozpoczęciem uroczystej Mszy św. kard. Franciszek Macharski przypomniał o pierwszej pielgrzymce Jana Pawła II, która odbyła się 23 lata temu. Wówczas Papież prosił o odmianę ludzkich serc i wówczas rzeczywiście poruszyły się ludzkie sumienia. `Niech ci drogę do Ojczyzny przygotuje św. Stanisław i ubłaga, żeby twoja pielgrzymka była początkiem nowej drogi narodu - wyraził życzenie metropolita krakowski. Do sierpniowej wizyty Papieża nawiązywała też symbolika ołtarza na Skałce: w centralnym punkcie umieszczony został obraz św. Stanisława, nad którym widnieje witraż Chrystusa Miłosiernego. Całość wkomponowana została w zarys fragmentu nawy świątyni gotyckiej, która ma symbolizować dzieje Kościoła krakowskiego. U góry umieszczony został napis: "Jezu - Męstwo męczenników - ufamy Tobie".
Podczas Mszy św., której przewodniczył abp Tadeusz Gocłowski, kazanie wygłosił kard. Kazimierz Świątek z Białorusi. Wezwał on do radykalizmu wiary, gdyż dzisiejszy świat, który odrzucił Boga nie wierzy już słowom, a świadkom. Odrzucając fałszywe argumenty krytyków wiary, należy dbać o to, by była jak 20 wieków temu, gdy św. Piotr powiedział Jezusowi: Ty jesteś Mesjasz, Syn Boga żywego. Skoro człowiek uwierzył w Jezusa Chrystusa, co wierni wyznają w `Credo`, powinni także przyjąć Kościół. Nie można wierzyć, odrzucając ufundowany przez Chrystusa Kościół - wspólnotę zbawienia, mówił z naciskiem kard. Świątek. I choć składa się ona z grzeszników, ludzi niekonsekwentnych, połowicznych i dwulicowych, gdy jest atakowany - należy go bronić. Dziś słowa nie wystarczą, świat wymaga dowodów. Aby być prawdziwym świadkiem Jezusa trzeba wypłynąć na głębię. Gdy apostołowie posłuchali Jezusa i wypłynęli na głębię, ich połów był obfity. Życie chrześcijan też będzie owocne - powiedział kard. Świątek.