Kontrowersje wokół roli gen. Błasika w trakcie tragicznego lotu prezydenckiego samolotu 10 kwietnia 2010r. trwają już od dawna. Najpierw, podczas ogłoszenia raportu MAK, Rosjanie oskarżyli generała o wywieranie nacisków na pilotów oraz ogłosili, że był pod wpływem alkoholu. Z czasem pojawiły się też teorie, według których jeszcze przed startem tupolewa doszło do kłótni między gen. Błasikiem, a  dowódcą załogi samolotu, mjr. Protasiukiem. Informację o kłótni podały "Gazeta Wyborcza" i "TVN24, powołując się na nieoficjalne źródło w MSWiA.  

W datowanym na 18 stycznia oświadczeniu Naczelnej Prokuratury Wojskowej czytamy jednak, że oskarżenia pod adresem dowódcy polskich sił powietrznych są bezpodstawne.

"Żaden z przesłuchiwanych świadków, osób obecnych wówczas w terminalu [przed startem tupolewa - red.] nie potwierdził, aby takie zdarzenie miało miejsce" - pisze o rzekomej kłótni ppłk. Jarosław Sej. Dalej dodaje: " Osoby te stwierdziły, iż kontakty sił powietrznych oraz dowódcy samolotu miały normalny, spokojny przebieg. Również oględziny nagrań z monitoringu nie wykazały, by między wymienionymi miało dojść do kłótni bądź emocjonalnej rozmowy".

"W związku z lotem z 10 kwietnia 2010r. gen. Andrzej Błasik nie realizował żadnych czynności o charakterze służbowym i nie wykonywał nadzoru służbowego nad pracą załogi" - ocenił prokurator Sej.