Naukowcy martwią się także, że zamknięcie placówki utrudni poznawanie judaizmu i języka hebrajskiego zainteresowanym takimi studiami, którzy przybywali do Jerozolimy z całego świata. Instytut ze względów ekonomicznych przeniesiony zostanie do Rzymu. Uczeni izraelscy, związani z Instytutem Ratisbonne'a w liście skierowanym do kard. Zenona Grocholewskiego, prefekta Kongregacji Wychowania Katolickiego, wyrazili obawę, że zamknięcie ośrodka "może być odczytane jako sygnał dystansowania się Kościoła katolickiego wobec Izraela i może negatywnie wpłynąć na relacje między Żydami i chrześcijanami". Uczeni sugerują również, że zamknięcie Instytutu Ratisbonne'a może być negatywnie interpretowane w kontekście obecnej napiętej sytuacji politycznej w Ziemi Świętej i konfliktu palestyńsko-izraelskiego. Sprawie zamknięcia Instytutu Ratisbonne'a dużo uwagi poświęcił dziennik izraelski "The Jerusalem Post". W artykule pod tytułem "Watykan zamyka jerozolimski instytut" gazeta przytoczyła fragmenty listu izraelskich naukowców i jego omówienie. Założony roku 1873 przez Alfonsa Ratisbonne'a Instytut, żydowskiego konwertytę - podjął pionierskie wtedy katolickie badania nad judaizmem. Z czasem stał się międzynarodowym centrum studiów chrześcijańskich nad judaizmem, wspólnych żydowsko-chrześcijańskich badań i miejscem dialogu obu religii. Także w środowisku uczonych żydowskich uważa się, że działalność Instytutu Ratisbonne'a miała duży wkład w przygotowanie Kościoła katolickiego na dialog z judaizmem oficjalnie zapoczątkowany przez Sobór Watykański II. W roku 1984 Instytut Ratisbonne'a został włączony do struktury Instytutu Katolickiego w Paryżu, a w 1998 r. otrzymał rangę instytutu pontyfikalnego. W 2001 r. działalność instytutu została czasowo zawieszona z powodu trudności ekonomicznych. Podejmowane były próby przekazania administracji Instytutu Ratisbonne'a w ręce jednego ze zgromadzeń zakonnych lub innych instytucji katolickich. Stolica Apostolska zdecydowała ostatecznie, że Instytut Ratisbonne'a zostanie przeniesiony z Jerozolimy do Rzymu i włączony do Uniwersytetu Gregorianum. Na decyzję tę wpłynęły trudności ekonomiczne placówki oraz względy naukowo-dydaktyczne.