Największego nasilenia ruchu granicznego można się spodziewać w dniach 12 i 13 września. Wtedy na przejściach zostanie zwiększona ilość funkcjonariuszy polskich i słowackich. Straż graniczna deklaruje, iż dołoży starań, by przekraczanie granicy odbywało się sprawnie i bez kolejek. Autokary przewożące grupy zorganizowane będą odprawiane poza kolejnością. Straż Graniczna prosi, aby autokary przewożące pielgrzymów były odpowiednio oznakowane. W prawym górnym rogu szyby powinna być umieszczona niebieska kartka formatu A4 z napisem "Pielgrzymka Jana Pawła II - Słowacja 2003". Grupy zorganizowane proszone są też o przygotowanie listy uczestników przejazdu. Grupy zorganizowane będą miały możliwość przekraczania granicy przez przejścia małego ruchu granicznego Jurgów-Podspady i Leluchów-Circ, które w dniach od 12 do 14 września będą funkcjonowały przez całą dobę. Przejście Muszynka-Kurov będzie czynne w godz. od 8.00 do 20.00. Zaleca się, aby osoby podróżujące indywidualnie przekraczały granicę na przejściach w Winiarczykówce, Chochołowie, Ujsołach, Zwardoniu-Mycie, Koniecznej. Odradza się natomiast przekraczanie granicy w Chyżnem i Łysej Polanie ze względu na duży ruch towarowy na tych przejściach granicznych.