Został ostrzelany 70 km od Bujumbury w kierunku Rumonge. Postrzelony został w głowę, w serce i w nogi. Próbowano go ratować w szpitalu Prince Rwagasore blisko konwentu karmelitów bosych w Bujumbura. O. Damian udzielił mu absolucji i sakramentu chorych. Cała Bujumbura jest w smutku. Nuncjusz był bardzo lubiany przez Burundyjczków. Nie wiadomo, kto go zabił. Wracał z trudnych rozmów z rebeliantami w sprawie pojednania i pokoju w Burundi. Mówi o. Włodzimierz Tochmański OCD: Było mi dane poznać osobiście śp. bpa Michela. 26 listopada 2003 r. w towarzystwie o. Mariana Stankiewicza, prowincjała prowincji warszawskiej karmelitów bosych, który towarzyszył mi w wizytacji pasterskiej delegatury misyjnej karmelitów bosych Burundi - Rwanda, i o. Damiana Fedora, delegata prowincjała w Afryce, zostałem przyjęty w Bujumbura na audiencji u nuncjusza apostolskiego w Burundi bpa Michel A. Courtney`a, pochodzącego z Irlandii. Ksiądz nuncjusz po ukazaniu trudnej sytuacji społeczno – politycznej Burundi powiedział, że jest przeciwny poczynaniom niektórych Afrykańczyków, zarzucającym „białym” jeszcze rasizm, czy kolonializm i pokazał piękno duchowe „białych”, całkowicie oddanych Burundyjczykom, a wśród nich wymienił Polaków, karmelitów pracujących w Bujumbura (imiennie o. Jana Kantego pracującego dla seminarium), siostry duchaczki w Gatara, czy karmelitów i karmelitanki Dzieciątka Jezus pracujących w Musongati. Prosił też bardzo o modlitwę w sprawie rozmów z rebeliantami, którzy co pewien czas dają o sobie znać, ostrzeliwując domy i mieszkańców Burundi. W Burundi polscy karmelici bosi posiadają swoje dwie placówki w Bujumbura i Musongati, obsługując 3 parafie i 10 stacji misyjnych.