Trwał on od 3 bm. a jego część robocza zakończyła się 6 bm. Delegację uczestników tego zgromadzenia z patriarchą moskiewskim i Wszechrusi Aleksym II na czele przyjął 6 bm. prezydent Rosji Władimir Putin, który wysoko ocenił zarówno prace Soboru, jak i społeczne zaangażowanie RKP. Patriarcha Aleksy w imieniu biskupów zapewnił głowę państwa, że Kościół udziela pełnego poparcia władzom w ich walce z terroryzmem. W ciągu 4 dni obrad prawie 150 hierarchów, reprezentujących wszystkie diecezje w Rosji i zagraniczne, omówiło szeroki krąg zagadnień życia duchowego, społecznego i państwowego, mających znaczenie dla Kościoła. W obszernym referacie programowym na rozpoczęcie prac Soboru patriarcha Aleksy II przedstawił bardzo realistyczny, a nawet chwilami niepokojący obraz współczesnej rzeczywistości religijnej i narodowej. Mówił m.in. o spadku religijności w kraju, o wzroście nastrojów konsumpcyjnych i pogoni za zyskiem, o dużych zaniedbaniach w pracy z młodzieżą, a zwłaszcza z najmłodszym pokoleniem, o nadużyciach i stosowaniu przemocy wobec podwładnych w klasztorach, szczególnie żeńskich, itp. Uzupełnieniem i rozwinięciem wystąpienia zwierzchnika RKP były referaty i sprawozdania innych hierarchów, m.in. raport metropolity Cyryla o zewnętrznej działalności RKP - o jego stosunkach z innymi Kościołami prawosławnymi i z innymi wyznaniami chrześcijańskimi, referat metropolity Juwenaliusza o nowych świętych RKP, materiały o pracy Kościoła w wojsku, o działalności charytatywnej i o utworzeniu Sądu Kościelnego. Obrady soborowe były też kolejną okazją dla hierarchów, zwłaszcza Aleksego i Cyryla, do zaatakowania Kościoła katolickiego za rzekome uprawianie prozelityzmu w Rosji. Z drugiej strony metropolita Cyryl zaznaczył, że w ostatnim czasie nastąpiła pewna poprawa wzajemnych stosunków, czego wyrazem było powołanie wspólnej grupy roboczej obu Kościołów i jej pierwsze posiedzenia. Wśród dokumentów końcowych znalazło się obszerne opracowanie (określone jako załącznik do referatu metropolity Juwenaliusza), odrzucające stanowczo możliwość kanonizacji cara Iwana Groźnego i Grigorija Rasputina. Dokument w tej sprawie wydano w związku z pojawiającymi się od kilku lat głosami domagającymi się wyniesienia obu tych postaci na ołtarze. Według biskupów, samo wysunięcie takiej propozycji kompromituje nie tylko jej autorów, ale pośrednio też cały Kościół. W "Przesłaniu Uświęconego Soboru Biskupiego do duchowieństwa, pobożnych ludzi zakonnych i wszystkich wiernych RKP" wspomniano, że po odejściu "ciężkich lat totalitarnego ateizmu, który stosował bezpośrednie, otwarte napaści na wiarę Chrystusową", pojawiły się w Rosji nowe problemy i wyzwania, np. sekularyzacja, i to na wielką skalę. Biskupi upominają się następnie o prawo ludzi wierzących do "wychowywania swych dzieci w szkołach państwowych bez obaw, że będzie im narzucany jako »jedynie słuszny« bezreligijny obraz świata". Podobnie wierzący obywatele kraju "chcą mieć pewność, że ich przekonania religijne" w wojsku, zakładzie pracy, organach władzy państwowej, w różnych organizacjach społecznych i prywatnych będą uwzględniane w codziennej praktyce i strzeżone przez prawo.

Uczestnicy Soboru zwrócili uwagę na dużą rolę środków przekazu, zwłaszcza telewizji, w niszczeniu moralnych podstaw narodu rosyjskiego, a próby ustawowego uregulowania tej sytuacji napotykają poważne sprzeciwy. Zdaniem hierarchów, może się ona zmienić po przyjęciu przez dziennikarzy zobowiązań moralnych wobec społeczeństwa za treść ich pracy. Biskupi stwierdzili, że normą winny się stać udział duchownych prawosławnych w programach radiowych i telewizyjnych a także zamieszczanie w środkach masowego przekazu materiałów, wyrażających stanowisko RKP wobec bieżących zagadnień. "Oświadczamy ponownie, że jeśli instytucje społeczne nie uwzględniają norm religijnych, tracą one prawo do jednomyślnego uznania społecznego" - głosi Przesłanie. Na zakończenie wzywa ono lud Boży do umacniania jedności, pomnażania wysiłków misyjnych i świętości życia. Według danych przedstawionych przez patriarchę, Rosyjski Kościół Prawosławny liczy obecnie 26590 parafii, z tego 12638 w Rosji, 10377 na Ukrainie, w Mołdawii - 1520 i 1319 na Białorusi; ponadto 461 na terenie b. ZSRR i 275 w tzw. dalszej zagranicy. Istnieją 652 klasztory, prawie 9,5 tys., szkółek niedzielnych i ponad 2,3 tys. ośrodków społecznych (przytułki, domy starców, jadłodajnie charytatywne). Eparchie (diecezje) wydają 540 tytułów różnych czasopism w Rosji, 107 na Ukrainie, 26 na Białorusi, 18 w Mołdawii i 34 w innych krajach. W okresie, jaki upłynął od poprzedniego Soboru Biskupiego - w sierpniu 2000 r. - RKP otrzymał 20 nowych biskupów, a 10 hierarchów zmarło. Łącznie rosyjski episkopat prawosławny składa się obecnie z prawie 160 członków.