Uroczystość z udziałem 100 osób, m.in. władz uczelni i delegacji diecezji toruńskiej z jej ordynariuszem Andrzejem Suskim na czele, odbyła się w Sali Klementyńskiej Pałacu Apostolskiego w Watykanie. Papież dziękując za tytuł powiedział, że jest to "znak stale rozwijającego się dialogu pomiędzy nauką i wiarą". Przypomniał swoją wizytę na uniwersytecie w czerwcu 1999 r. Ojciec Święty nawiązał do przemówienia, które wówczas wygłosił. - Pamiętam, że mówiłem wtedy właśnie o tym dialogu, który powinien przezwyciężać oświeceniowe przeciwstawienie prawdy osiąganej na drodze rozumu prawdzie poznawanej przez wiarę. Dziś coraz bardziej rozumiemy, że chodzi o tę samą prawdę i trzeba, aby ludzie, dochodząc do niej na drogach im właściwych, nie szli samotnie - by szukali potwierdzenia własnych intuicji również w spotkaniu z innymi. Tylko wtedy naukowcy oraz ludzie kultury rzeczywiście będą mogli podjąć tę szczególną odpowiedzialność, o której mówiłem w Toruniu - "odpowiedzialność za prawdę - dążenie do niej, jej obronę i życie według niej" - mówił Jan Paweł II . Papież wyraził zadowolenie, że uczelnia dynamicznie się rozwija, "ofiarując możliwość zdobywania wiedzy coraz większej liczbie młodych ludzi". - Dobrze, że może w tym uczestniczyć również Wydział Teologiczny. Wiem, że ten rozwój dokonuje się przy wsparciu Władz miasta, które śmiało można nazwać "miastem uniwersyteckim" - powiedział Jan Paweł II i życzył: - Niech to wspólne dzieło służy Toruniowi, regionowi i całej Polsce. Na zakończenie Ojciec Święty jeszcze raz podziękował za wyróżnienie i prosił, aby przekazać pozdrowienie wszystkim profesorom i studentom uczelni, a także wszystkim mieszkańcom Torunia. W uroczystości wręczenia Ojcu Świętemu honorowego doktoratu Uniwersytetu Toruńskiego uczestniczyło 100 osób, wśród nich najwyższe władze uczelni, z jej rektorem profesorem Janem Kopcewiczem, oraz dziekanami poszczególnych wydziałów i najbardziej zasłużonymi wykładowcami. Była obecna także delegacja diecezji toruńskiej z ordynariuszem, bp. Andrzejem Suskim oraz reprezentacja władz województwa kujawsko-pomorskiego, m.in. wojewoda Romuald Kosieniak.