O 15.00 przewodniczył Mszy św. w intencji Ojca Świętego. W Eucharystii uczestniczyło ponad 100 tys. pielgrzymów z kraju i zagranicy. Metropolita krakowski w długiej i bardzo osobistej homilii podkreślał, że modlitwa za Jana Pawła II to "nasz uczciwy, ludzki obowiązek po śmierci Dobrego Pasterza". Kard. Macharski mówił, że łzy to "zwyczajna, prosta i ludzka odpowiedź na ból i cierpienie rozstania z kimś, kogo się kocha". - Dziś mamy odwagę prosić Ojca Niebieskiego, by miał dla Niego miejsce odpoczynku, światła i pokoju po trudzie nieustępliwej służby - powiedział wyraźnie wzruszony. Kardynał wspominał, ostatnią pielgrzymkę Papieża do Polski w 2002 roku. - Przecież nam się serce krajało na widok tego utrudzenia! - wyznał. Dodał, że dziś Ojciec Święty jest już tam, "gdzie nie ma smutku, łez, bólu i trudu". - Prośmy, aby Pan zechciał dać pełny i niezachwiany spokój temu, o którym myślimy: święty brat, święty przyjaciel, święty człowiek, życzliwy i dobry jak ojciec i matka - apelował metropolita krakowski. - Daj Panie, żeby trud tego życia, które Jan Paweł II dla nas oddał Tobie, nie poszedł na marne - modlił się Kardynał, a zwracając się do zgromadzonych w sanktuarium podkreślił, że to zależy przede wszystkim od sumień każdego i każdej. - Żeby po tej śmierci było tak jak po odjeździe Ojca Świętego, kiedyśmy wracali bliscy sobie do domów - dodał. Łamiącym się głosem, wyraźnie wzruszony Kardynał wyznał: - Gdybym spotkał teraz w Rzymie Ojca Świętego, to nonsensowne, co teraz mówię, to bym Mu powiedział: "Nie opuścimy tej pamięci, która nas zmusza do wysiłku, trudu, do uczenia się, do rachunku sumienia. Nie zmarnujemy Twojego życia, które nam dałeś kropla po kropli". Homilii metropolity krakowskiego w całkowitym milczeniu wysłuchało ponad 100 tys. osób. W tym samym czasie we wszystkich kościołach archidiecezji krakowskiej odprawiane były msze św. za spokój duszy Jana Pawła II.