Będzie to modlitwa: "Za dusze zmarłych Papieży i wszystkich, którzy w Kościele głosili Ewangelię i wypełniali kapłańską posługę: aby zostali dopuszczeni do udziału w liturgii niebieskiej, módlmy się". Liturgii, koncelebrowanej tylko przez kardynałów i patriarchów katolickich Kościołów wschodnich, będzie przewodniczył dziekan Kolegium Kardynalskiego kard. Joseph Ratzinger. Urząd Obrzędów Liturgicznych Papieża ogłosił tekst mszy pogrzebowej i ceremonii pochówku Jana Pawła II. We wstępie do tego dokumentu podkreślono, że w obrzędzie pogrzebu Kościół ukazuje swą wiarę w zwycięstwo Chrystusa Zmartwychwstałego nad grzechem i śmiercią. Wiara ta wyraża się szczególnie w pogrzebie Biskupa Rzymu, który ze względu na posługę, jaką sprawował w Kościele, umacniał w wierze wszystkich duszpasterzy i wiernych. Na wieść o śmierci swego najwyższego kapłana Kościół w Rzymie i w innych częściach świata zanosi do Ojca, Pana życia i śmierci, żarliwą modlitwę wdzięczności za to dobro, które zmarły papież wykonywał dla Kościoła i ludzkości. Jest to również modlitwa pochwalna i błagalna, "aby Pan zechciał go przyjąć do swego domu światła i pokoju wraz ze wszystkimi świętymi". W modlitwach zawarte jest wezwanie, aby Kościół, pozbawiony papieża, zdał się całkowicie i ufnie na Chrystusa, Najwyższego Pasterza, który obiecał mu stałą obecność i pomoc. Wspominani są także ci, którzy ze względu na pokrewieństwo, służbę lub współpracę byli najbliżej zmarłego papieża. Dla wszystkich zaś jest to okazja, aby ożywić nadzieję na życie wieczne i świadczyć o wierze w przyszłe zmartwychwstanie z Chrystusem. Ciało pontifexa rzymskiego, które dzięki sakramentom wprowadzenia chrześcijańskiego stało się świątynią Ducha Świętego a przez sakrament święceń biskupich oddał się on całkowicie w służbę ludu Bożego, zasługuje na należną cześć, stosownie do zwyczajów i tradycji chrześcijańskiej, przede wszystkim jednak ze względu na wiarę w życie wieczne i w zmartwychwstanie ciał. Znajduje to odzwierciedlenie w pewnych znaczących elementach: w potwierdzeniu faktu śmierci, wystawieniu zwłok w Domu Papieskim, w uroczystym ich przeniesieniu do Bazyliki Watykańskiej i ustawieniu na katafalku, wreszcie we mszy pogrzebowej wraz z ostatnim wspomnieniem i pożegnaniem oraz w złożeniu do grobu i pochowaniu. Mszę pogrzebową, podczas której nastąpi pochówek Jana Pawła II, poprzedziło złożenie zwłok zmarłego papieża na katafalku. Po mszy zostaną one przeniesione do grobu i pochowane. W tych częściach obrzędu weźmie udział tylko ściśle określona liczba osób. Przed mszą ciało zmarłego papieża wkłada się do trumny z drewna cyprysowego, która zostaje zamknięta w obecności kardynałów: kamerlinga, stojących na czele każdej z trzech kategorii kardynalskich: biskupów, prezbiterów i diakonów, archiprezbitera Bazyliki św. Piotra, sekretarza stanu, wikariusza papieskiego dla diecezji rzymskiej oraz nie będących kardynałami: substytuta Sekretariatu Stanu, prefekta Domu Papieskiego, jałmużnika papieskiego, wicekamerlinga, przedstawicieli kanoników Bazyliki św. Piotra i sekretarza papieża, ubranych w stroje chóralne (rokieta i mantolet) i krewnych zmarłego.

Msza będzie sprawowana głównie po łacinie, ale wiele jej części, jak czytania liturgiczne czy modlitwa wiernych będą wypowiadane w językach współczesnych. Pierwsze czytanie, pochodzące z 10. rozdziału Dziejów Apostolskich, będzie po hiszpańsku, drugie - z 3. rozdziału Listu św. Pawła do Filipian - po angielsku, a Ewangelia - z 19. rozdziału św. Jana - po łacinie. Wezwania modlitwy wiernych będą kolejno w językach: francuskim, suahili, tagalskim (filipińskim), polskim, niemieckim i portugalskim. Po komunii rozpoczną się obrzędy przyjęcia i pożegnania ciała zmarłego. Wokół przybranej trumny zgromadzą się koncelebransi a kardynał-dziekan wezwie wszystkich zgromadzonych do wspólnej modlitwy za "duszę naszego Papieża Jana Pawła, Biskupa Kościoła katolickiego, który umacniał braci w wierze zmartwychwstania". Zostanie odśpiewana Litania do Wszystkich Świętych, w której wezwanie "módl (lub módlcie) się za nami" będzie zastąpione przez słowa "módl/módlcie się za niego" (ora/orate pro eo). Ostatnie wezwanie Litanii będzie skierowane do św. Faustyny (Kowalskiej). Następnie odbędzie się specjalna modlitwa Kościołów wschodnich, zaczerpnięta z nabożeństwa za zmarłych w liturgii bizantyńskiej, po czym przez chwilę wszyscy uczestnicy świętych obrzędów będą się modlić w milczeniu, a w tym czasie, przy śpiewie scholi główny celebrans pokropi wodą święconą trumnę i okadzi ją. Po jeszcze jednej modlitwie rozpocznie się procesja z trumną papieża do grobu, obecni zaś odśpiewają w tym czasie po łacinie Magnificat. Przy śpiewie trzech Psalmów kardynał kamerling przewodniczy przeniesieniu ciała zmarłego papieża z Bazyliki do Grot Watykańskich przez Bramę św. Marty. Teraz następuje ostatnia część całej ceremonii - złożenie trumny do grobu; w tym czasie przewodniczący obrzędom kardynał odmawia na przemian z diakonem modlitwy, do których włączają się wierni, odmawiając po łacinie Ojcze nasz. Trumna z drewna cyprysowego jest przybrana czerwonymi wstęgami z pieczęciami Kamery Apostolskiej, Prefektury Domu Papieskiego, Urzędu Obrzędów Liturgicznych Papieża i Kapituły Watykańskiej. Umieszcza się ją następnie w trumnie drewnianej ocynkowanej, która natychmiast zostaje szczelnie zamknięta i na niej również umieszcza się pieczęcie wspomnianych urzędów watykańskich. Na wieku ustawia się krzyż i herb zmarłego papieża. Do środka wkłada się medale pamiątkowe pontyfikatu. W czasie składania trumny do grobu wszyscy uczestnicy tej ceremonii śpiewają hymn "Salve regina". Na zakończenie notariusz Kapituły Bazyliki watykańskiej sporządza świadectwo prawdziwości pochówku i odczytuje go zebranym. Zgodnie z motu proprio Pawła VI "Pontificalis Domus" z 28 marca 1968 w obrzędach mają obowiązek uczestniczyć - ale nie koncelebrować - członkowie tzw. Kapeli Papieskiej, którą tworzą: patriarchowie, arcybiskupi i biskupi - powinni mieć z sobą rokietę i mucet, arcybiskupi i biskupi katolickich Kościołów wschodnich z właściwym im strojem chóra1nym, opaci i zakonnicy - właściwy strój chóralny, prałaci - z rokietą i mantoletem lub w krótkiej komży z obwódką fioletową, nałożonej na szaty fioletowe, stosownie do stopnia w hierarchii, kapelani Jego Świątobliwości - w komży na sutannie obramowanej lamówką fioletową i proboszczowie rzymscy - w komży i z czerwoną stułą.