Senackie komisje nie zgodziły się na wycofanie projektu, o co apelowali przedstawiciele m.in. kościoła katolickiego, ewangelicko-reformowanego, prawosławnego, zielonoświątkowców oraz ewangelicko-augsburskiego. Pierwsze czytanie senackiego projektu ustawy zgłoszonego przez SLD-UP odbyło się na wspólnym posiedzeniu komisji: Polityki Społecznej i Zdrowia, Gospodarki i Finansów Publicznych oraz Ustawodawstwa i Praworządności. Zgodnie z ratyfikowanym przez Polskę Konkordatem ze Stolicą Apostolską do regulacji spraw finansowych, dotyczących Kościoła musi zostać powołana specjalna komisja rządowo-kościelna, która w ramach komisji konkordatowej analizowałaby dokonywane uzgodnienia. Od 1999 roku obie strony podnosiły potrzebę reformy Funduszu Kościelnego, a to uchyla argument, że (żądanie likwidacji Funduszu Kościelnego - PAP) jest to żądanie jednej strony, nieprzemyślane i incydentalne - powiedziała przewodnicząca senackiej komisji Polityki Społecznej i Zdrowia Krystyna Sienkiewicz (SLD-UP). Fundusz Kościelny powstał w 1950 roku jako rekompensata za bezprawne zagarnięcie przez państwo dóbr kościelnych na rzecz Skarbu Państwa. Ze środków Funduszu pokrywane są m.in. ubezpieczenia duchownych wszystkich wyznań, którzy nie mają umów o pracę, także misjonarzy i zakonników. Senator Krystyna Sienkiewicz poinformowała, że od 83 do 86 proc. środków z Funduszu Kościelnego trafia do kościoła katolickiego, a od 6 do 11 proc. - do kościoła prawosławnego. W 2004 roku budżet Funduszu Kościelnego wynosił 78 mln zł.