Jan Paweł II nigdy nie milczał o terrorystycznych atakach na Izraelczyków. Przypomina o tym Biuro Prasowe Stolicy Apostolskiej. Oświadczenie wystosowano w związku z oskarżeniami, jakie jeden z funkcjonariuszy izraelskiego ministerstwa spraw zagranicznych wysunął w wypowiedzi dla wtorkowego wydania Jerusalem Post. Twierdził on, jakoby zmarły papież przemilczał akty antyizraelskiego terroryzmu i rząd Izraela musiał nieraz interweniować w tej sprawie. Jego zdaniem Stolica Apostolska za nowego pontyfikatu winna to postępowanie zmienić. „Zrozumiałe jest – czytamy w oświadczeniu Watykanu – że izraelski rząd nikomu nie pozwala, by mu dyktował, co ma powiedzieć. Tak samo jednak Stolica Święta nie może się zgodzić na otrzymywanie od kogokolwiek pouczeń i wskazań co do treści swych własnych deklaracji”. Watykańskie biuro prasowe wyjaśnia, że nie na każdy antyizraelski zamach można było od razu zareagować publicznym potępieniem. Powodem tego była często natychmiastowa reakcja izraelska, nie zawsze zgodna z normami prawa międzynarodowego. Do oświadczenia dołączono obszerną notę, przypominającą liczne wypowiedzi Jana Pawła II potępiające wszelki terroryzm i poszczególne akty terrorystyczne wymierzone przeciw Izraelowi. Publicznie znane dokumenty wykazują bezpodstawność oskarżeń Stolicy Apostolskiej i w szczególności Jana Pawła II o przemilczanie antyizraelskiego terroryzmu – czytamy w nocie Biura Prasowego. Zmarły papież przy różnych okazjach wypowiadał się o państwie Izrael i jego prawach, jak też o zobowiązaniach wobec narodu palestyńskiego. Potępiał przemoc wobec ludności cywilnej. Nota przytacza między innymi list apostolski Redemptionis anno z roku 1984: „Dla ludu żydowskiego, który żyje w państwie Izrael, prośmy o pożądane bezpieczeństwo i należny pokój, który jest niezaprzeczalnym prawem każdego narodu oraz warunkiem do życia i postępu każdego społeczeństwa”. Przemawiając przed 14 laty do korpusu dyplomatycznego, papież przyznał, „że metody działania, obrane przez niektóre grupy Palestyńczyków, są nie do przyjęcia i zasługują na potępienie”. Opowiedział się też za zagwarantowaniem państwu Izrael właściwych warunków bezpieczeństwa.

Z narastaniem przemocy na Bliskim Wschodzie coraz częściej potępiał akty terroryzmu – jak na przykład krwawy atak przed 10 laty w Netanii czy ubiegłoroczny zamach samobójczy w Jerozolimie. Zdecydowane odrzucenie takich aktów popełnianych przeciw mieszkańcom Ziemi Świętej nieustannie powracało w przesłaniach Urbi et Orbi, katechezach, przemówieniach – także do grup żydowskich. „Budzi bolesne zdziwienie – czytamy w watykańskiej nocie – że można było nie zauważyć, jak w ciągu 26 lat pontyfikatu Jan Paweł II tylekroć podnosił głos, potępiając wszelki terroryzm w Ziemi Świętej”. O. David Jeager: „Trzeba przede wszystkim zrozumieć, że przyczyna tego ręcznie sterowanego kryzysu jest całkiem banalna: fakt, że od dawna rząd izraelski nie stosuje się do umów zawartych właśnie z Janem Pawłem II. Czyli brak realizacji umów podstawowych zawartych ze Stolicą Apostolską. Chciałbym przede wszystkim przypomnieć dwa istotne wydarzenia: Po pierwsze, jesienią ubiegłego roku rząd izraelski oficjalnie poinformował Sąd Najwyższy, że nie czuje się związany porozumieniem podstawowym sprzed 11 lat. Drugim natomiast jest fakt, że niezmiernie trudne stało się nawet ustalenie kolejnego terminu negocjacji. Ostatnie spotkanie ustalono na 19 lipca. Rząd izraelski miał na nim przedstawić dokument prezentujący na piśmie jego aktualne stanowisko. Krótko przed tą datą anulował on spotkanie. Gotów był jednak w ostatniej chwili zgodzić się na nowe spotkanie – 25 lipca. Widać, że nawet w tym terminie nie był gotowy. W poszukiwaniu pretekstu, aby odwołać rozmowy, urzędnicy sięgnęli po zamieszczone w internecie niedzielne przemówienie papieża i znaleźli wymówkę. Jest ona całkowicie absurdalna, gwałtowna, bezprecedensowa - skierowana wobec aktualnego Następcy Piotra. Jak wytłumaczyć brak realizacji umów zawartych z Janem Pawłem II, największym przyjacielem, jakiego naród żydowski miał kiedykolwiek, papieżem, który nawiązał stosunki dyplomatyczne z Izraelem, podejmując jak wiadomo nawet pewne ryzyko?” Jaki może być dalszy bieg wydarzeń? „Moim zdaniem Izrael powinien podjąć dwa kroki. Pierwszym byłaby bezwarunkowa prośba o wybaczenie wystosowana pod adresem obecnego papieża oraz jego poprzednika - Jana Pawła II. Nie wymaga to strony władz zbytniego wysiłku. Nie sądzę, aby premier wiedział o wszystkich poczynaniach urzędników swego gabinetu. Drugim byłoby natomiast respektowanie przez rząd izraelski zawartych porozumień. Są to dwie umowy międzynarodowe. Jeżeli rząd izraelski podejmie te inicjatywy, istnieje szansa na ocalenie relacji obydwu stron. Natomiast osoby odpowiedzialne za wywołanie tego bezsensownego kryzysu powinny zostać pociągnięte do odpowiedzialności.”