Do setek rolników, którzy przyjechali na dożynki diecezjalne, wygłosił homilię, w której stwierdził, że w konfrontacji z rolnikami krajów Zachodu polscy rolnicy będą coraz bardziej odczuwać niesprawiedliwe warunki. Dodał, że zwiększenie wydatków, jakie rolnicy muszą ponosić, można dostrzec już dziś. Bp Napierała, zwolennik Radia Maryja, często wyrażał publicznie swoje obawy związane z wejściem Polski do UE. Mówił, że Polska, stojąc duchowo znacznie wyżej niż pozostałe kraje Europy, powinna walczyć o zachowanie swojej tożsamości.