Zakonnik zasłynął z kontrowersyjnych wypowiedzi na temat zmarłego papieża. W kwietniu, dwa dni po śmierci Jana Pawła II, udzielił wywiadu belgijskiej gazecie "Le Soir", w którym porównał papieża do proboszcza wiejskiej parafii, wymagającego dyscypliny, grożącego palcem katolickim teologom. Za ten wywiad władze prowincji ukarały go rocznym zakazem kontaktów z mediami i zakazem prowadzenia wykładów na jezuickiej uczelni w Krakowie. 49-letni Obirek - jak mówił, rozczarowany brakiem wolności słowa w Kościele, a jeszcze bardziej brakiem wsparcia ze strony współbraci - nie podporządkował się woli zakonu. Opuścił klasztor. We wrześniu przesłał do swojego przełożonego, prowincjała o. Krzysztofa Dyrka, list, w którym powiadomił go o decyzji odejścia. Sam o. Obirek nie chce rozmawiać o sprawie. Ojciec Leszek Gęsiak z zarządu krakowskiej prowincji jezuitów potwierdza, że prowincjał dostał list od Obirka. - Ojciec Obirek napisał w nim o możliwości odejścia. Nie oznacza to jednak, że została wszczęta procedura zwolnienia ze ślubów zakonnych - mówi o. Gęsiak. - O zgodę na to - za pośrednictwem prowincjała - musi wpłynąć oficjalna prośba do generała zakonu. Procedura zwalniania ze ślubów jest zazwyczaj długa, poprzedzona badaniem ekspertów. Generał zaś może, ale nie musi, udzielić takiego zwolnienia. Zakonnicy składają trzy śluby wieczyste: ubóstwa, czystości i posłuszeństwa, a jezuici dodatkowo czwarty ślub - posłuszeństwa papieżowi. O zwolnieniu z celibatu (ale nie ze święceń kapłańskich, bo te obowiązują do śmierci), decyduje papież. Jan Paweł II niechętnie udzielał takich zezwoleń, co uniemożliwiało odchodzącym ze stanu duchownego zawarcie małżeństwa ze ślubem kościelnym. Ojciec Obirek był już wcześniej upominany przez władze prowincji. W 2002 r. przed papieską pielgrzymką w wywiadzie dla "Przekroju" porównał Jana Pawła II do złotego cielca, który stanowi najpoważniejszy problem Kościoła w Polsce. W konsekwencji przestał być prorektorem jezuickiej uczelni Ignatianum, a prowincjał zażądał, by zakonnik przedstawiał mu swoje teksty przed publikacją. Pod koniec lat 90. został zwolniony z funkcji redaktora naczelnego pisma "Życie Duchowe", którego łamy otworzył dla ludzi o różnych światopoglądach, wielu niewierzących. Sam zafascynowany jest m.in. dialogiem z religiami Wschodu.