Jego zdaniem decyzje władz prokuratorskich skazywały na niepowodzenie ściganie rzeczywistych sprawców zbrodni, usytuowanych na szczytach komunistycznej władzy. Witkowski prosił o „zapewnienie prowadzącym śledztwo niezależności od wpływów partykularnych interesów grup nacisku”. Wśród polityków, do których skierował odezwę, byli m.in. Lech Kaczyński, wtedy świeżo wybrany prezes NIK, oraz Donald Tusk, wówczas przewodniczący Kongresu Liberalno-Demokratycznego. Jak pisze Witkowski w wydanej w 1993 r. książce pt. "Łaknąc sprawiedliwości", ze strony Tuska nie doczekał się żadnej reakcji na swój apel. Natomiast Lech Kaczyński zaprosił go na spotkanie, w czasie którego nie wykluczył, że przy Okrągłym Stole zapadły - zatajone przed nim - ustalenia dotyczące "praktycznego znaczenia terminu tzw. grubej kreski", leżące u podstaw trudności w prowadzeniu śledztwa. W apelu wystosowanym do polityków w 1991 r. Witkowski ujawniał, że w resorcie spraw wewnętrznych w okresie od 1981 do 1984 roku funkcjonowała organizacja przestępcza, która dokonywała zbrodni na terenie całej Polski, a zabójstwo ks. Jerzego Popiełuszki było jednym z najcięższych przestępstw, którego dopuścili się funkcjonariusze MSW. Witkowski wskazywał, że jego plan przewidujący postawienie zarzutów osobom z najwyższych kręgów peerelowskiej władzy uwikłanych w funkcjonowanie tej grupy, nie uzyskał akceptacji ze strony kierownictwa prokuratury. Przeciwnie, wbrew jego stanowisku wyłączono z akt głównych sprawy materiały przeciwko dwóm podejrzanym generałom - Władysławowi Ciastoniowi i Zenonowi Płatkowi. "Podejrzanym i ich obrońcom, pomimo mojego publicznego sprzeciwu, udostępniono w formie kserokopii, materiał dowodowy do zaznajomienia. Spowoduje to niepowodzenie nie tylko w dalszym postępowaniu wobec wskazanych podejrzanych (...), ale co ważniejsze, może zaważyć - przez zbyt wczesne ujawnienie dowodów i kierunków śledztwa - na skuteczność ścigania dalszych sprawców zbrodni" - alarmował Witkowski. Jego zdaniem, prokuratura powinna zebrać i przedstawić wszystkie okoliczności przestępczej działalności generałów, wszystkie dokumenty, które zgromadzono w aktach, i posadzić na ławie oskarżonych wszystkich mocodawców. Tylko taka taktyka miała szansę na sprawiedliwe osądzenie winnych. Witkowski proponował w tym celu powołanie specjalnego zespołu śledczego złożonego z prokuratorów, policjantów i funkcjonariuszy UOP, wyłączonego spod nadzoru administracyjnego departamentu prokuratury. Niestety, dalsze losy śledztwa potwierdziły nakreślony przez prok. Witkowskiego czarny scenariusz. Wyrwana z całego kontekstu sprawa generałów Ciastonia i Płatka to faktyczna kompromitacja prokuratury. Najpierw Sąd Wojewódzki w Warszawie uniewinnił obu oskarżonych, potem ten wyrok został uchylony, a sprawa przekazana do ponownego rozpoznania. W wyniku dalszych decyzji procesowych trafiła znowu do prokuratury. W końcu Ciastoń został uniewinniony, a postępowania wobec Płatka zawieszone z uwagi na stan zdrowia. Nie mniej bulwersujący przebieg ma postępowanie w sprawie dalszych mocodawców zabójców ks. Jerzego Popiełuszki. Po odebraniu śledztwa Witkowskiemu sprawa została podzielona na różne wątki i w końcu unicestwiona poprzez kolejne wyłączenia i umorzenia. Podobnie niepokojący przebieg ma śledztwo "reaktywowane" w 2001 r. Topniejący zespół śledczy Jak relacjonuje Witkowski w książce „Łaknąc sprawiedliwości”, w czasie wspomnianej już rozmowy Lech Kaczyński żałował, że nie jest ministrem sprawiedliwości - prokuratorem generalnym, co mu wcześniej proponowano, gdyż wtedy możliwe byłoby doprowadzenie śledztwa do końca.

Rzeczywiście sprawa śledztwa odżyła, gdy po 10 latach Lech Kaczyński został ministrem sprawiedliwości w rządzie AWS. „W maju 2001 r. w wyniku wcześniej podjętych rozmów z ówczesnym ministrem sprawiedliwości prof. Lechem Kaczyńskim oraz prok. Zbigniewem Wassermannem, przedłożyłem prokuratorowi krajowemu dziesięciostronicową notatkę urzędową z ustaleń śledztwa (według stanu z 3 grudnia 1991 r.), które przeprowadziłem w latach 1990-1991. Minister sprawiedliwości - prokurator generalny po przeanalizowaniu treści wskazanego dokumentu polecił Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN prowadzenie postępowania przygotowawczego w sprawie kierowania wykonaniem zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki przez osoby, które w hierarchii partyjno-państwowej zajmowały wyższe stanowiska od generałów Władysława Ciastonia i Zenona Płatka" - informował Witkowski w Biuletynie IPN ze stycznia 2003 r. Tymczasem ze śledztwem dotyczącym kierowniczego sprawstwa zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki, które po 10 latach wróciło do prokuratora z Lublina, od początku zaczęły dziać się dziwne rzeczy. Wprawdzie na polecenie Marka Biernackiego, ministra spraw wewnętrznych i administracji, ostatni komendant policji z AWS-owskiego nadania Jan Michna powołał w sierpniu 2001 r. 3-osobową grupę śledczą złożoną z funkcjonariuszy Centralnego Biura Śledczego, to jednak gdy po jesiennych wyborach w 2001 r. rządy przejęli postkomuniści, Antoni Kowalczyk, nowy komendant policji, długo nie kwapił się do wykonania decyzji swojego poprzednika. W końcu po szeregu interwencji powołał grupę złożoną już nie z 3 funkcjonariuszy CBŚ, lecz z 2 policjantów Wojewódzkiej Komendy Policji w Lublinie. Tak powstał zespół śledczy składający się z 2 prokuratorów i 2 policjantów, a nad przebiegiem śledztwa miał czuwać prok. Andrzej Witkowski, ówczesny naczelnik oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN w Lublinie. Wkrótce po powołaniu zespół zaczęły trapić różne "przypadki", w wyniku których kolejno odchodzili z niego najpierw z przyczyn zdrowotnych prokuratorzy, a potem decyzją kierownictwa policji - oddelegowani policjanci. Witkowski znowu odsunięty Na początku 2004 r. władze IPN podjęły decyzję o przejęciu śledztwa do osobistego prowadzenia przez prok. Witkowskiego, którego niejako w tym celu odwołano ze stanowiska naczelnika oddziałowej komisji ścigania. Jednak na jesieni 2004 r. władze IPN dopatrzyły się formalnych przeszkód, aby Witkowski mógł osobiście kontynuować sprawę kierowania zabójstwem ks. Jerzego Popiełuszki. Równo rok temu to postępowanie decyzją prof. Witolda Kuleszy, dyrektora Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN, przekazano katowickiej prokuraturze IPN. Prokurator Witkowski, który nadal bez wsparcia policyjnego prowadzi śledztwo główne w sprawie istnienia organizacji przestępczej w strukturach peerelowskiego MSW, dokonującej m.in. zabójstw działaczy opozycji politycznej i duchowieństwa na terenie całego kraju, odmawia komentowania sprawy odebranego mu śledztwa. Jednak nie ulega wątpliwości, że przekazanie tak rozległej sprawy innemu prokuratorowi na drugim krańcu Polski stanowiło poważne spowolnienie tempa śledztwa. Jak poinformował nas prok. Przemysław Piątek z pionu ścigania IPN w Katowicach, w ramach przejętego postępowania przesłuchano już kilka osób w charakterze świadków, ale ciągle trwa jeszcze zapoznawanie się prokuratora z materiałami. - Przyjąłem taką taktykę śledczą, że w pierwszej kolejności zapoznam się z całością materiału archiwalnego w znacznej mierze wynikającego z kwerend przeprowadzonych przez poprzedniego referenta, czyli prok. Witkowskiego - powiedział nam prok. Piątek. Według jego wstępnych wyliczeń, materiał archiwalny liczy ok. 200 jednostek aktowych, przy czym trudno dziś określić dokładne rozmiary poszczególnych jednostek, a mogą one wynosić od kilku do kilkudziesięciu tomów. - Część tych materiałów została już przeze mnie przestudiowana, ale jest tego bardzo dużo i chcąc wywarzyć całość moich obowiązków służbowych, nie jestem w stanie tego zrobić tak "od ręki" - przyznaje prok. Piątek. - Ja nie mam wątpliwości, że sprawcami zabójstwa ks. Jerzego Popiełuszki ktoś kierował. Ale na dzień dzisiejszy mogę powiedzieć, że ten materiał dowodowy, który jest, jest niewystarczający, aby komukolwiek z osób zajmujących w hierarchii partyjno-państwowej PRL miejsce powyżej generałów Ciastonia i Płatka postawić zarzuty popełnienia tego przestępstwa - dodaje prokurator.