Zaprosił też Papieża do odwiedzenia naszej Ojczyzny. Prezydent przyznał, że jak dla każdego katolika spotkanie z Ojcem Świętym, „było dla niego ważnym przeżyciem”. Podkreślił, że Benedykt XVI liczy, iż Polacy będą promować w Europie chrześcijańskie wartości. 26 stycznia Lech Kaczyński został przyjęty przez Benedykta XVI na prywatnej audiencji. Wizyta w Watykanie była pierwszą oficjalną podróżą zagraniczną nowego prezydenta. Audiencja w Watykanie rozpoczęła się o godz. 11:00 prawie półgodzinną rozmową „w cztery oczy”. Odbyła się ona w papieskiej bibliotece. Jako tłumacz służył prałat Paweł Ptasznik, szef sekcji polskiej watykańskiego Sekretariatu Stanu. Lech Kaczyński podkreślił, że rozmowa przebiegła w niezwykle serdecznej atmosferze. Papieża określił jako „człowieka sympatycznego i uśmiechniętego”. Powiedział, że rozmawiał z Benedyktem XVI o problemach polskiego Kościoła, a także o sytuacji na świecie i w Europie. Zaznaczył przy tym, że „o problemach polskiego Kościoła rozmawiano niewiele, gdyż Ojciec Święty zdaje sobie sprawę z siły polskiego Kościoła. Mówiono za to „o Europie, gdzie narasta w różnych środowiskach rodzaj agresji przeciwko chrześcijaństwu”. Prezydent Lech Kaczyński powiedział, że Benedykt XVI liczy, że „Polska będzie promowała w Europie punkt widzenia, który ma związek z wartościami chrześcijańskimi”. Podkreślił przy tym, że są to oczekiwania „zupełnie normalne, bo np. na południu Polski 70-80 %. mieszkańców regularnie uczestniczy w mszy św. "Co nie oznacza, że kraj katolicki ma się zmienić w państwo wyznaniowe" – podkreślił prezydent Lech Kaczyński podczas konferencji prasowej. Po rozmowie prezydenta z Papieżem, Benedykt XVI spotkał się z towarzyszącą Lechowi Kaczyńskiemu małżonką i jego najbliższymi współpracownikami. Był wśród nich kapelan prezydenta ks. Roman Indrzejczyk. Członkowie delegacji po kolei podchodzili do Papieża, a przedstawiał ich prezydent Kaczyński. Wszyscy otrzymali pamiątkowe różańce. Benedykt XVI dostał w darze oryginalne hiszpańskie wydanie poematów św. Jana od Krzyża „Poemas Mayores”. Okładka książki została ozdobiona bursztynami. Do księgi dołączono w skórzanym etui ozdobną kartę, na której napisano, że dzieło hiszpańskiego mistyka w dużym stopniu wpłynęło na wybór stanu kapłańskiego przez Karola Wojtyłę, co w konsekwencji zaprowadziło Go na Stolicę Piotrową. Prezydent otrzymał od Papieża trzy medale - złoty, srebrny i brązowy - pierwszego roku pontyfikatu Benedykta XVI. Żegnając się z Papieżem Lech Kaczyński powiedział: „Ponawiam zaproszenie Waszej Świątobliwości do Polski”. Wcześniej wręczył Ojcu Świętemu zaproszenie na piśmie. O majowej pielgrzymce Benedykta XVI do Polski Lech Kaczyński rozmawiał także z watykańskim sekretarzem stanu kard. Angelo Sodano. Na zakończenie swej wizyty w Watykanie prezydent zszedł do Grot Watykańskich, gdzie oczekiwał go kard. Andrzej Maria Deskur. Tam modlił się przy grobie Jana Pawła II oraz w polskiej kaplicy Matki Boskiej Częstochowskiej.

Jeszcze przed audiencją prezydent Lech Kaczyński powiedział Radiu Watykańskiemu, że nie miał najmniejszych wątpliwości, iż pierwszą wizytę powinienem złożyć w Watykanie. Podkreślił, że pochodzi z narodu gdzie katolicy stanowią zdecydowaną większość. Przypomniał, że przez ponad 26 lat Polak był Papieżem. - Nie miałem najmniejszej wątpliwości, że najpierw będę u Ojca Świętego Benedykta XVI, a ponieważ Watykan mieści się w Rzymie, to oczywiście jestem też z wizytą w Republice Włoskiej - powiedział prezydent. Podkreślił, że planuje następne podróże zagraniczne. Dodał jednak, że każdy prezydent, niezależnie od osobistych przekonań, bo choćby jego poprzednik był agnostykiem, powinien zaczynać od spotkania z Papieżem, bo taki jest charakter narodu, któremu przewodzi. Przyznał zarazem, że fakt iż Polska jest krajem katolickim, nie oznacza że nasze państwo jest państwem katolickim. „Jest państwem uznającym zasadę autonomii władzy świeckiej i władzy duchownej - państwa i Kościoła” - podkreślił. I - jak ocenił - „jest to bardzo dobra zasada”. Wieczorem 25 stycznia, bezpośrednio po przylocie do Rzymu, szef państwa spotkał się z polskimi pracownikami Kurii Rzymskiej. Do ambasady przy Stolicy Apostolskiej licznie przybyli również księża z Papieskiego Instytutu Polskiego, odbywający na papieskich uczelniach studia specjalistyczne. „Nasz Kościół jest jednym z Kościołów partykularnych. Jednak jego rola, wziąwszy pod uwagę ilość księży pracujących tutaj w Kurii i w wielu państwach na misjach, wykracza poza rolę Kościoła partykularnego” - powiedział na spotkaniu z duchowieństwem prezydent Kaczyński. Gospodarzem spotkania była ambasador RP przy Stolicy Apostolskiej Hanna Suchocka. Prezydent Laech Kaczyński spotkał się także z prezydentem Włoch Carlo Azeglio Ciampim. Rozmawiano między innymi o problemach związanych z globalizacją i stosunkach polsko-włoskich. Jak podkreślił szef kancelarii prezydenta, minister Andrzej Urbański wizyta ta „miała nie tylko wymiar duchowy ale także ogromne znaczenie polityczne”. - W sensie politycznym jest to wizyta, która przypada na kilkanaście tygodni przed pierwszą wizytą nowego Papieża w Polsce. I wszyscy w Polsce czekamy na to, co nam powie, do czego nawiąże, w których miejscach pokaże nam ważne znaki na przyszłość – powiedział Radiu Watykańskiemu minister Urbański. Podkreślił zarazem, że „wizyta w Państwie włoskim ma wymiar bardzo konkretny, dlatego że dzisiejsza Europa po mniej udanych doświadczeniach z konstytucją i po złych doświadczeniach w kwestii energii gazowej jest dziś zbiorem państw, które poszukują własnych odpowiedzi na te różne wyzwania”. Dodał, że „Polska w ostatnich tygodniach stała się ważnym punktem odniesienia dla wielu polityków w Europie i rzeczywiście przez najbliższe kilkanaście tygodni prezydent zamierza przeprowadzić rozmowy na najwyższym szczeblu, w najważniejszych stolicach europejskich, żeby uzgodnić właśnie wspólne działania”. 15 lat temu z pierwszą oficjalną wizytą udał się do Watykanu prezydent Lech Wałęsa Aleksander Kwaśniewski na początku pierwszej kadencji prezydentury odwiedzał Francję i Niemcy, a na początku drugiej kadencji - z pierwszą wizytą był na Litwie. Watykan odwiedzał jednak kilkakrotnie. Z Benedyktem XVI spotkał się w grudniu ub. r. w trakcie swej ostatniej oficjalnej wizyty zagranicznej. W czasie audiencji Aleksander Kwaśniewski zapraszał Benedykta XVI do Polski.