Według Żaryna, była to "dobrowolna współpraca". Środowe "ŻW" opublikowało artykuł Tadeusza Witkowskiego o tym, że ks. Czajkowski miał być agentem SB w latach 1960-1984 pod pseudonimem Jankowski. Artykuł oparty jest na dokumentacji IPN, którą ten udostępnił Witkowskiemu. Ma wynikać z niej, że duchowny donosił za pieniądze, m.in. na ks. Jerzego Popiełuszkę, metropolitę wrocławskiego abpa Bolesława Kominka, Jacka Kuronia i Jana Józefa Lipskiego. Od końca lat 70. oficerem prowadzącym ks. Czajkowskiego miał być Adam Pietruszka, esbek skazany za zabójstwo kapelana "Solidarności". Ks. Czajkowski zaprzeczył, że współpracował z SB. "Nigdy nie byłem tajnym współpracownikiem. Ale jeśli ktoś wykorzystał moją łatwowierność, bardzo przepraszam" - powiedział gazecie. Żaryn (szef pionu naukowo-badawczego IPN) powiedział PAP, że z zachowanych teczek wynika, iż "incydentalny początek współpracy" ks. Czajkowskiego z SB datuje się na lipiec 1956 r. Ocenił, że w tym czasie można mówić o "niezrozumieniu sytuacji" przez księdza. Według Żaryna, "wszystko wskazuje na to", że od 1960 r. do października 1984 r. można zaś mówić o "swego rodzaju dobrowolnej współpracy". "On wie, komu przekazuje informacje" - dodał Żaryn. Jego zdaniem, motywy współpracy są trudne do zweryfikowania, ale sądzi, że "kwestia paszportu i wyjazdów za granicę miała jakieś znaczenie". Żaryn potwierdził, że ks. Czajkowski przerwał współpracę po porwaniu i zamordowaniu w październiku 1984 r. przez oficerów SB ks. Jerzego Popiełuszki. Powiedział on wtedy płk. Adamowi Pietruszce (wiceszefowi zwalczającego Kościół osławionego IV departamentu MSW - PAP), że każdy esbek może być odpowiedzialny za tę zbrodnię. Pietruszkę w 1985 r. skazano na 25 lat więzienia za udział w zabójstwie kapelana podziemnej "Solidarności". Zdaniem Żaryna, z akt wynika, iż SB uważało Czajkowskiego za "skorego do współpracy" i pozytywnie oceniało jego współpracę. Historyk nie chciał oceniać faktu zerwania współpracy przez księdza.