Od 1998 roku pod adresem meksykańskiego duchownego zaczęły do Watykanu napływać zarzuty o seksualne molestowanie w przeszłości seminarzystów należących do tego zgromadzenia. Faktom tym miały towarzyszyć nadużycia w sferze sakramentalnej (udzielanie rozgrzeszenia tym, z którymi dopuszczał się grzechu). Ks. Maciel stanowczo zaprzeczył zarzutom, podkreślając swój niesmak, jako że oskarżycielami byli ludzie, którzy porzucili Legionistów Chrystusa. W 2005 r. zrezygnował jednak z kierowania założonym przez siebie zgromadzeniem, jako przyczynę podając zaawansowany wiek. Jak przypomniano w komunikacie watykańskiego biura prasowego, dochodzenie w sprawie wyjaśnienia zarzutów Kongregacja Nauki Wiary – kierowana wówczas przez kard. Josepha Ratzingera – podjęła w 2001 r. Nowy prefekt dykasterii – kard. William Levada – zdecydował się zamknąć śledztwo, nie wytaczając formalnie karnego procesu kanonicznego ks. Macielowi ze względu na jego wiek i stan zdrowia. Wezwano go jedynie do prowadzenia życia modlitwy i pokuty oraz do powstrzymania się od publicznego sprawowania kultu. Decyzję tę zaaprobował ojciec święty. Niezależnie od sprawy założyciela, Legionistom Chrystusa i Stowarzyszeniu "Regnum Christi" wyraża się wdzięczność za zasługi w dziedzinie duszpasterstwa – czytamy w watykańskim komunikacie.