Ceremonia pożegnania rozpoczęła się o 20.55, ze znacznym opóźnieniem. Przed nią Papież spotkał się prywatnie z prezydentem Kaczyńskim. Benedykt XVI podjechał do samolotu w oszklonym papamobile. Dzięki temu mógł pozdrowić kilka tysięcy wiernych, którzy czekali na niego mimo niesprzyjającej pogodzie, od kilku godzin. Specjalnie dla Ojca Świętego śpiewały "Dzieci z Bodą", zespół Joszki Brody. Na lotnisku w strugach deszczu oczekiwali prezydent, premier, wicepremierzy i marszałkowi Sejmu i Senatu. Orkiestra kompanii reprezentacyjnej Wojska Polskiego odegrała hymn Stolicy Apostolskiej i Polski. Ojciec Święty po polsku pozdrowił żołnierzy: "Czołem żołnierze!" Odpowiedź żołnierzy "Czołem Wasza Świątobliwość!" została zagłuszona entuzjastycznym aplauzem zgromadzonych na płycie lotniska tysięcy wiernych. W imieniu Polaków pożegnał Ojca Świętego prezydent Lech Kaczyński. Podziękował za przesłanie Ojca Świętego i stwierdził, że od dziś cała Rzeczpospolita i wszyscy Polacy oczekiwać będą na ponowne spotkanie na polskiej ziemi. Papież w swoim pożegnalnym przemówieniu wezwał Polaków do pozostania wiernymi strażnikami chrześcijańskiego depozytu. Wyznał też, że pielgrzymka zbliżyła go do rodaków jego wielkiego poprzednika i poprosił o modlitwę w swojej intencji. Następnie do Benedykta XVI podchodzili przedstawiciele rządu i władz państwowych oraz kościelni dostojnicy, by się z nim indywidualnie pożegnać. Wierni zgromadzeni na płycie lotniska skandowali "Zostań z nami!" Na koniec kompania reprezentacyjna Wojska Polskiego przemaszerowała w defiladzie przed Ojcem Świętym. Młodzi zaśpiewali "Polska żegna Cię!" Dzieci w strojach krakowskich przed schodami prowadzącymi do samolotu wręczyły Papieżowi kwiaty. Przed samym wejściem Ojciec Święty błogosławił zebranych. Tłum śpiewał i skandował "Benedetto!" Papież pozdrawiał jeszcze zebranych przez okno samolotu.