Tym samym zaprzestano obowiązkowego badania, wpisywania na listę i zakazywania ksiąg uznanych za sprzeczne z zasadami wiary i normami moralnymi. "Index librorum prohibitorum" pierwszy raz został sporządzony z upoważnienia papieża Pawła IV w 1559 r. i od tego czasu wielokrotnie był ponawiany, poprawiany i uzupełniany. Jeszcze w 1917 r. na mocy Kodeksu Prawa Kanonicznego dzieło zamieszczone na Indeksie pociągało za sobą zakaz jego drukowania, tłumaczenia na inne języki, czytania przechowywania lub przekazywania innym. W wykazie znalazły się m. in. dzieła Marcina Lutra, Ulricha Zwinglego, Jana Kalwina, Henryka Heinego, Immanuela Kanta, Honoriusza Balzaka, a w XX w. Simone de Beauvoir, Jean-Paul Sartre'a i Andre Gide'a. Zakazy czytania pism, które propagujących błędne poglądu w sprawach wiary i dobrych obyczajów miały miejsce już w pierwszych wiekach chrześcijaństwa. Miały one jednak charakter czysto moralny i obowiązywały tylko w sumieniu. Z czasem przybierały one charakter karny, szczególnie w czasach reformacji. Od 1559 r. sporządzaniem "Indeksu ksiąg zakazanych" zajmowała się Kongregacja Inkwizycji następnie Kongregacja Indeksu, a od 1908 r. Kongregacja Świętego Oficjum. Na zniesienie Indeksu największy wpływ miał Sobór Watykański II i związane z nim zmiany w dyscyplinie kościelnej a także reforma Kurii Rzymskiej, przeprowadzona przez Pawła VI. 7 grudnia 1965 r. papież na mocy motu proprio "Integrae servandae" dokonał reformy Kurii Rzymskiej, w tym Kongregacji Świętego Oficjum, która od tego czasu nosi nazwę Kongregacji Nauki Wiary. W dokumencie tym nadal jest mowa, że Kongregacja ta będzie się zajmować niebezpiecznymi księgami i będzie je sprawdzać. Pojawiła się jednak nowość. Nie ma w nim już mowy o "zakazie" lecz tylko o "dezaprobacie" wobec danego dzieła. To rewolucyjne sformułowanie zostało na początku zauważone. Po raz pierwszy sprawę tego zapisu wyjaśnił 13 kwietnia 1966 r. ówczesny prefekt Kongregacji Nauki Wiary, kard. Alfredo Ottaviani, który z wywiadzie dla ilustrowanego magazynu "Gente" powiedział, że Indeks nie ma już żadnej mocy prawnej. Kolejnym krokiem była notyfikacja Kongregacji Nauki Wiary z 1966 r., i ostatecznie, dekret z 15 listopada 1966 r., w którym na mocy decyzji Pawła VI "Index librorum prohibitorum" nie ma już mocy wiążącej z prawa kościelnego, ale zachował swoja moc moralną. Poucza wiernych, aby wystrzegali się, jak wymaga tego prawo naturalne, tych pism które mogłyby im przynieść szkodę w wierze i dobrych obyczajach. Tym samym powrócono do sytuacji sprzed 1559 r. i przestrzeganie dawnego Indeksu pozostawione zostało sumieniu wiernych, szczególnie autorów i wydawców katolickich. W ciągu ponad 400 lat obowiązywania, Indeks był wydany ok. 50 razy. Ostatnie wydanie miało miejsce w 1948 r. i zawierało ok. 5 tys. tytułów. W styczniu 1998 r. udostępniono historykom akta Kongregacji Świętego Oficjum oraz Kongregacji Indeksu, w tym materiały związane z "Indeksem ksiąg zakazanych". Obecnie są dostępne dokumenty do roku 1922.