Podboju i chrystianizacji Estonii dokonali w XIII wieku kawalerowie mieczowi. Od tego czasu przez kilka wieków znaczną rolę odgrywała tam ludność niemiecka. W XVI wieku przyjęto reformację, którą w następnym stuleciu utrwaliło panowanie szwedzkie. W XVIII wieku cała Estonia znalazła się pod władzą Rosji. Ogłosiła niepodległość w roku 1918, ale przez dwa lata musiała jej bronić przed bolszewikami. W roku 1940 znowu została okupowana przez wojska sowieckie. Prześladowania narodowe i ateizacja odbiły się na życiu wszystkich wspólnot religijnych, także katolików, którzy stracili niektóre ze swych i tak nielicznych parafii, a ich administrator apostolski (abp Eduard Profittlich) zginął w sowieckim łagrze. Kraj odzyskał niepodległość w roku 1991. W dwa lata później Estonię odwiedził Jan Paweł II. Estońskich katolików jest ok. 5 tys., co stanowi zaledwie ⅓ proc. półtoramilionowej ludności kraju. Posiadają oni administraturę apostolską, ustanowioną w roku 1924. Od czasów reformacji tradycyjnie najliczniejsi byli w Estonii luteranie, jednak obecnie taką przynależność wyznaniową deklaruje tylko kilkanaście procent ludności. Dość liczni są też prawosławni, z których znaczna część jest narodowości rosyjskiej. Dalsze miejsca zajmują inne wyznania protestanckie. Tylko 30 proc. Estończyków uważa się dziś za wierzących. W tak silnie zlaicyzowanym społeczeństwie Kościół pokonuje liczne trudności, w tym brak księży. Rozwija ekumeniczną współpracę z innymi wyznaniami.