Sędzia uznał, iż Fahrutdinow stał na czele taszkienckiego odłamu Islamskiego Ruchu Uzbekistanu, radykalnej organizacji opowiadającej się za stworzeniem w Azji Centralnej muzułmańskiego kalifatu. Fahrutdinow został również skazany za zorganizowanie serii zamachów na budynki rządowe, które w 1999 r. kosztowały życie 16 osób. Obrońca i rodzina skazanego twierdzą, że zarzuty są kuriozalne, a jedyną winą cieszącego się dużą popularnością duchownego jest nieustanne krytykowanie rządzącego Uzbekistanem od 15 lat prezydenta Islama Karimowa. Żona Fahrutdinowa, którą policja aresztowała, gdy on sam ukrywał się w sąsiednim Kazachstanie, twierdzi, iż była torturowana, a policjanci zgwałcili jej sześcioletnią córkę.