Po upadku miasta w 1453 r. została zamieniona na meczet. Twórca współczesnej Turcji, Kemal Atatürk, w 1934 r. uczynił z niej muzeum. Po Hagia Sophia oprowadził Papieża dyrektor muzeum. Benedykt XVI z zaintersowaniem słuchał dziejów świątyni i zadawał pytania. Podziwiając piękną, ale zniszczoną przez nałożony przez muzułmanów tynk mozaikę Maryi, Papież w geście podziwu złożył ręce jak do modlitwy. Gest ten wychwycili tureccy obserwatorzy, którzy podkreślali, iż miała to być wyłącznie wizyta turystyczna. Na zakończenie Papież wpisał się do Złotej Księgi. W darze otrzymał amforę z reprodukcją maryjnej mozaiki z Hagia Sophia. Wizyta Papieża w tym miejscu budzi wielkie zainteresowanie obserwatorów ponieważ przed wizytą wyznawcy islamu podnosili głos, że Watykan chce przemienić muzeum znowu na katolkicką bazylikę. Prawo tureckie zakazuje w tym miejscu jakiejkolwiek modlitwy. Podczas odwiedzin tego miejsca w 1967 r. Paweł VI uklęknął na chwilę modlitwy – wzbudziło to oburzenie opinii tureckiej, chociaż Papież uzyskał na to specjlane pozwolenie tureckich władz. Natomiast w 1979 r. Jan Paweł II zwiedzał Hagię Sophię trzymając w dłoni różaniec. Nie mówił nic, tylko w milczeniu się modlił. Zanim Benedykt XVI przybył do muzeum pod Hagia Sophia odbyła się antypapieska manifestacja. Kilkudziesięciu tureckich nacjonalistów wykrzykiwało „Allach jest wielki”, a „Aya Sofya jest turecka!”. Podkreśla się, że manifestantów było mniej, niż zainteresowanych ich protestem dziennikarzy.