W liturgii sprawowanej pod przewodnictwem Prymasa Polski kard. Jósefa Glempa uczestniczył m.in. premier Jarosław Kaczyński. Metropolita warszawski wspominał w homilii Wielki Piątek 2005, kiedy to ciężko chory Papież po raz pierwszy nie mógł uczestniczyć w Drodze Krzyżowej w Koloseum. Wówczas, jak przypomniał abp Nycz, Jan Paweł II obserwował nabożeństwo na ekranie telewizora, zaś przy ostatniej XIV stacji ujął w ręce duży drewniany krzyż. "Właściwie objął, przytulił się do krzyża i w tym głęboko symbolicznym, wręcz mistycznym przeżyciu, które oglądał cały świat wyraziła się też największa i najgłębsza prawda o przyjmowaniu krzyża Chrystusowego, w którym zrozumiałe jest nasze cierpienie, w którym jest nasze zbawienie" - mówił metropolita warszawski. Abp Nycz powiedział, że życie Jana Pawła II było drogą prawdziwej świętości. "Chcemy mieć nowego orędownika, ale także nowego świętego do naśladowania" - powiedział hierarcha wyrażając nadzieję, że przykład życia Jana Pawła II będzie pociągający także dla młodego pokolenia. Mszy św. w warszawskim kościele pw. Wszystkich Świętych przewodniczył Prymas Polski. "Spróbujmy się odnieść naszą pamięcią, umysłem i sercem do tego, który dwa lata temu zakończył ziemską drogę" - powiedział na początku liturgii. Wraz z kard. Glempem Mszę św. sprawowali m.in. nuncjusz apostolski w Polsce abp Józef Kowalczyk, metropolita warszawski abp Kazimierz Nycz oraz ordynariusz warszawsko-praski abp Sławoj Leszek Głódź. W Mszy św. uczestniczył m.in. premier Jarosław Kaczyński i prezydent Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz. Na schodach przed kościołem Wszystkich Świętych i u podnóża pomnika Jana Pawła II rozpalono kilkaset zniczy.