Komisja Historyczna Kościoła powołał na posiedzeniu w dniu 2 marca 2007 Konsytorz Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP, w porozumieniu z Radą Synodalną i Konferencją Biskupów, na wniosek na wniosek bpa Janusza Jaguckiego. Jej celem jest przeprowadzenie programu badawczego „Inwigilacja Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP przez służby bezpieczeństwa w latach 1945 – 1989”. W skład Komisji wchodzą dwa zespoły badawcze. Trzyosobowy Zespół Badawczy I dla Polski północnej, obejmujący obszar Diecezji Pomorsko-Wielkopolskiej, Mazurskiej i Warszawskiej tworzą: ks. Jan Cieślar, mec. Dawid Binemann-Zdanowicz, mgr Danuta Szczypka. Trzyosobowy Zespół Badawczy II dla Polski południowej będzie działał w składzie: ks. Jerzy Samiec, prof. Ryszard Małajny, dr Jan Szturc. Doradcą Komisji Historycznej Kościoła jest prof. Andrzej Friszke. Na pierwszym spotkaniu Komisji Historycznej, które odbyło się 29 marca br. w Warszawie postanowiono zwrócić się z prośbą do prezesa Instytutu Pamięci Narodowej dra hab. Janusza Kurtyki o umożliwienie dostępu do akt personalnych i innych zgromadzonych w archiwum IPN dotyczących inwigilacji Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP w okresie 1945-1989.