Komentując niedawne publikacje Naszgo Dziennika w obronie abp. Stanisława Wielgusa redaktor naczelny Gazety Polskiej, ktora pierwsza oskarżyła hierarchę o agenturalną przeszłość napisał: 1) Nagonka jest wywołana sprawą arcybiskupa Wielgusa. 2) Autor już prawie dziesięciu tekstów Sebastian Karczewski stawia tezę, że cała sprawa to efekt wewnątrzkościelnego spisku. 3) Jak do tej pory zarzuca GP manipulacje, kłamstwa, a nawet zbrodnię nie odnosząc się do wydrukowanych dokumentów. Głównym przedmiotem jego dosyć bełkotliwej analizy są okoliczności opublikowania naszych tekstów i wypowiedzi temu towarzyszące. 4) Karczewski absolutnie nie przejmuje się faktami, nie próbuje ich zweryfikować, nie dzwoni do osób, którym stawia najcięższe zarzuty. Pomijając fakt, że taka praktyka mało odbiega od rutyny Naszego Dziennika można sądzć, że autor ma z góry załozoną tezę, a właściwie realizuje zlecone przez samą górę ND zadanie . 5) Seria publikacji ukazuje się przed pielgrzymką Radia Maryja na Jasną Górę. Na pielgrzymkę udaje się arcybiskup Wielgus. Z dostepnych mi informacji wynika, że w czasie pielgrzymki Wielgus ma być przywitany jako ktoś w rodzaju męczennika. Stanie się to w obecności władz państwowych i posłów. Wszyscy mieli zostać zaskoczeni reakcją tłumu i biskupów, które owacyjnie przyjmą Wielgusa. 6) Opinia publiczna, a przede wszystkim Ojciec Święty mają dostać sygnał , że Wielgus to reprezentant polskiego ludowego Kościoła niszczonego przez ciemne siły. 7) Co dalej? Próba wbicia klina pomiedzy Watykan i część konserwatywną polskiego Kościoła? Stworzenie ruchu politycznego z broniącej Wielgusa Samoobrony, LPR i wszystkich z prawej, którzy odpadli od PiS-u? 8) Jest też prostsze wytłumaczenie - Radio Maryja bardzo traci słuchalność i poparcie. Być może te publikacje to tylko próba zatrzymania wątpiących, ale to chyba zbyt optymistyczne. 9) Niezależnie od motywów obencej działalności Naszego Dziennika mamy do czynienia z bezczelnym kłamstwem i próbą wybielania cynicznego agenta SB. 10) Dawno przestałem już wierzyć w to, że ruch Ojca Rydzyka to jedynie bardzo specyficzny nurt w Kościele. To raczej początki nowej schizmy, być może największej w historii polskiego Kościoła. Ciekwe tylko czy sam Ojciec Rydzyk o tym wie?

Publikację Naszego Dziennika w najnowszym numerze Tygodnika Powszechnego komentuje również ks. Adam Boniecki. W`artykule "Bardzo straszny spisek" napisał: Zdumiewająca, mówiąc delikatnie, jest akcja medialna podjęta przez związany z Radiem Maryja „Nasz Dziennik". Dwa dni przed nałożeniem przez Benedykta XVI paliusza (znaku władzy metropolitalnej) abpowi Kazimierzowi Nyczowi gazeta ogłosiła materiał zapowiadający podważenie moralnej prawomocności wszystkiego, co doprowadziło do nominacji obecnego metropolity Warszawy. Zbieżność z uroczystością w Watykanie nie jest zresztą jedyna: w tych dniach zakończyła się również kwerenda prowadzona w archiwach IPN przez Kościelną Komisję Historyczną. Oczywiście nie można wykluczyć, że ta koincydencja jest całkowicie przypadkowa... Ks. Boniecki w punktach streszcza główne tezy materiału Naszego Dziennika po czym pisze: Wszystkie te tezy są dość wątpliwe i sugerują spisek (czyj?) przeciw osobie arcybiskupa. Rozpatrzmy je kolejno. 1. Być może tak było, że osoba/osoby świadome istnienia teczki arcybiskupa uznały za swój obowiązek nie dopuścić do nominacji metropolity, któremu później wyciągnięto by niejasne karty z przeszłości. Porównanie ze stalinowskimi procesami jest jednak nie na miejscu. Arcybiskup nie tylko mógł się bronić, ale czynił to, początkowo zaprzeczając wszystkim zarzutom. 2. Ta teza jest szczególnie intrygująca. Nasz Dziennik sugeruje, że spisek uknuły IPN z „Rzeczpospolitą" (podkreślono szczególną rolę Ewy Czaczkowskiej) albo "zupełnie inne kręgi". Jakie? Kolejne teksty publikowane w ND nie przynoszą odpowiedzi. 3. Rzecznik Praw Obywatelskich zajął się sprawą zarzutów stawianych arcybiskupowi na wniosek członków Senatorskiego Klubu Narodowego (wniosek podpisali: Jan Szafraniec, Mieczysław Maziarz, Ludwik Zalewski, Adam Biela, Janusz Kubiak, Ryszard Bender, Waldemar Kraska). Jak już wtedy wykazano, Rzecznik Praw Obywatelskich, który „stoi na straży wolności i praw człowieka i obywatela określonych w Konstytucji" (Ustawa Zasadnicza), może podjąć sprawę w celu jej wyjaśniania w związku ze skierowanym do niego wnioskiem bądź z własnej inicjatywy. Artykuł 8. Ustawy o RPO mówi: „Rzecznik podejmuje czynności przewidziane w ustawie, jeżeli poweźmie wiadomość wskazującą na naruszenie wolności i praw człowieka i obywatela" (por. Rozdział II Konstytucji RP artykuł 30). 4. Dla porządku przypomnijmy: 30 grudnia abp Stanisław Wielgus zapowiedział, że zwróci się do Kościelnej Komisji Historycznej z prośbą o zbadanie dokumentów IPN na jego temat. 2 stycznia 2007 r. Komisja rozpoczęła prace w archiwum IPN. Pierwszego dnia nie mogła jeszcze zajmować się sprawą zarzutów wobec abpa Wielgusa – stało się to możliwe dopiero, kiedy po spotkaniu z nią w godzinach wieczornych arcybiskup oficjalnie poprosił jej członków o zbadanie dokumentów. W dokumencie samej Komisji czytamy m.in.:

"Komisja stwierdziła, że istnieją liczne, istotne dokumenty potwierdzające gotowość świadomej i tajnej współpracy ks. Stanisława Wielgusa z organami bezpieczeństwa PRL. Z dokumentów wynika również, że została ona podjęta. Współpraca z SB była zakazana przez Episkopat. W dokumentacji IPN zachowały się opinie funkcjonariuszy wywiadu PRL odnoszące się do materiałów SB, które pośrednio wskazują, że działalność ks. Stanisława Wielgusa w środowisku lubelskim mogła wyrządzić szkody różnym osobom z kręgu Kościoła". 5. Dokument podpisany i odczytany przez abpa Wielgusa jest przykładem odwagi i pokory. W jego odezwie czytamy m.in.: "Powodowany pragnieniem odbycia ważnych dla mojej specjalności naukowej studiów, wszedłem w te uwikłania bez należytej roztropności, odwagi oraz zdecydowania do ich zerwania. Wyznaję dziś przed Wami ten popełniony przeze mnie przed laty błąd, tak jak wyznałem go już wcześniej Ojcu Świętemu. (...) dziś z całym przekonaniem stwierdzam, że nie donosiłem na nikogo ani nikogo nie starałem się skrzywdzić. Samym faktem tego uwikłania skrzywdziłem jednak Kościół. Skrzywdziłem go ponownie, kiedy w ostatnich dniach w obliczu rozgorączkowanej kampanii medialnej zaprzeczyłem faktom tej współpracy. Wystawiło to na szwank wiarygodność wypowiedzi ludzi Kościoła, w tym również solidaryzujących się ze mną Księży Biskupów". Jeśli rzeczywiście taki tekst podsunięto (kto?) do podpisania i odczytania Arcybiskupowi, a on go podpisał i odczytał, to w Kościele działają jakieś straszne siły. Bo kto niby miał dokonać owego gwałtu na osobie nowego metropolity? IPN w osobie Jana Żaryna? (Nasz Dziennik pisze, że dyrektor Biura Edukacji przybył do nowego metropolity pod pretekstem przeprowadzenia wywiadu i przekonywał go, że "w materiałach dotyczących jego osoby nie ma obciążających materiałów" – w materiałach nie ma materiałów, cóż za styl). "Rzeczpospolita" z Ewą Czaczkowską? Jeżeli ludzie z "innych kręgów", to chyba tylko kościelnych... 6. ND utrzymuje, że Papież dawno o wszystkim wiedział. Tego nie potrafię sprawdzić, w każdym razie Kongregacja ds. Biskupów, która przygotowuje dokumentację kandydatów, nie wiedziała. Mniejsza o to, jeśli rzeczywiście "już następnego dnia po odwołaniu ingresu, 8 stycznia br., [Benedykt XVI] ponownie wskazał kandydaturę ks. abp. Stanisława Wielgusa na urząd metropolity warszawskiego". Pytanie tylko, komu wskazał? Przecież do niego należy nie wskazywanie, ale nominowanie biskupów. Nie wiem, jakie dokumenty kryją sejfy Naszego Dziennika. To, co zostało do tej pory powiedziane, maluje tak ponury i przerażający obraz Kościoła, jakim zwykli nas raczyć XIX-wieczni antyklerykałowie. Teza, "że mieliśmy do czynienia ze zorganizowanym działaniem, za którym kryły się określone cele polityczne", że "o czyny, których nigdy nie popełnił, nowy metropolita warszawski został oskarżony przez grupę osób, które postanowiły nie dopuścić do objęcia przez niego urzędu", nasuwa pytanie "dlaczego?". Czyżby ten cały kościelny spisek został zorganizowany dlatego, że abp Stanisław Wielgus współpracował z Radiem Maryja? W konkluzji artykułu ks. Boniecki pisze: To, że między bezpardonowym niszczeniem człowieka a wyniesieniem go na stolicę metropolitalną istnieje przestrzeń miłosierdzia i szacunku do człowieka, autorowi Naszego Dziennika do głowy nie przychodzi. Ani to, że – jak napisał Benedykt XVI – sytuacja, która zaistniała, nie pozwalała arcybiskupowi Wielgusowi rozpocząć posługi biskupiej z niezbędnym jej autorytetem. Po prostu nie pozwalała – tak napisał Benedykt XVI, papież.