Ks. Isakowicz-Zaleski jest bezkompromisowym zwolennikiem ujawniania prawdy o współpracownikach SB w Kościele. Na podstawie materiałów IPN napisał kontrowersyjną książkę "Księża wobec bezpieki na przykładzie archidiecezji krakowskiej" - o działaniach SB wobec duchownych i Kościoła. Sam ma status pokrzywdzonego: jako kapelan nowohuckiej "Solidarności" w 1985 r. był inwigilowany przez SB, został również dwukrotnie pobity przez funkcjonariuszy. Portal Wiara.pl ustalił, że informacji o nagrodzie dla ks. Zaleskiego nie ma jeszcze na stronach internetowych RPO. W zeszłym roku laureatem Nagrody im. Pawła Włodkowica przyznawanej jako wyraz uznania Rzecznika Praw Obywatelskich za odwagę w występowaniu w obronie podstawowych wartości i prawd, nawet wbrew zdaniu i poglądom większości został miesięcznikWieź” został. Wręczenie nagrody nastąpiło podczas Obchodów Dnia Praw Człowieka na Zamku Królewskim w Warszawie – 9 grudnia 2006 r.