To, że biskup łomżyński był agentem bezpieki, zasugerował na swoich łamach Głos Wielkopolski. "W tym artykule nie ma żadnego dowodu na taką współpracę. Radzę biskupowi, żeby skierował sprawę do sądu" - mówi ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski. Autor tekstu w poznańskiej gazecie sugeruje, że bp Stefanek mógł współpracować ze Służbą Bezpieczeństwa przed rokiem 1980, gdy był wikariuszem generalnym zgromadzenia chrystusowców. Powołuje się przy tym na materiały IPN dotyczące zgromadzenia, a także na informacje uzyskane od byłych esbeków. Jednak w obu przypadkach nazwisko ks. Stefanka nie pada wprost. Sam biskup zdecydowanie zaprzecza oskarżeniom. "Nigdy w żadnej formie nie współpracowałem ze Służbą Bezpieczeństwa" - napisał w słowie, które było czytane w niedzielę w kościołach jego diecezji. Tymczasem według ustaleń Dziennika zapewnienia bp. Stefanka potwierdzają wyniki prac Kościelnej Komisji Historycznej, która od zeszłego roku badała znajdujące się w IPN akta SB dotyczące wszystkich żyjących polskich hierarchów. W sprawozdaniu końcowym wymieniła nazwiska kilkunastu biskupów, którzy zostali zarejestrowani przez organy bezpieczeństwa PRL jako tajni współpracownicy lub kontakty operacyjne albo informacyjne, a jeden jako agent wywiadu PRL. Abp Leszek Sławoj Głódź pytany przez Dziennik, czy wśród tych kilkunastu osób jest bp Stefanek, odpowiedział krótko: "Na pewno nie". Łącznik między Kościelną Komisją Historyczną a Episkopatem Polski zastrzegł jednak, że raport jest tajny. Nie wykluczył jednak, że na życzenie bp. Stefanka fragmenty na jego temat mogą zostać upublicznione. "To jest nowa sytuacja. Jeśli będzie taka potrzeba, to komisja się wypowie" - stwierdził. Na wątpliwą wartość materiałów, na jakie powołuje się autor tekstu z Głosu Wielkopolskiego zwraca uwagę znany badacz działań SB wobec duchowieństwa ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski. "Zapoznałem się dokładnie z tym artykułem i uważam, że materiał dowodowy jest bardzo słaby. Ja na ich podstawie nie odważyłbym się wysuwać takich sugestii jak autor. Jeśli bp Stefanek poda go do sądu, wygra proces bez kłopotu" - ocenia ks. Zaleski. Sam biskup również uznał, że skierowanie sprawy do sądu będzie najlepszą metodą. We wspomnianym słowie do wiernych zapowiedział, że jedna z warszawskich kancelarii zajmie się sprawą odpowiedzialności mediów za kłamstwa i naruszanie dóbr osobistych. Ks. Zaleski uważa, że najlepszym sposobem na wyjaśnienie sprawy jest opublikowanie akt SB. "Tak zrobili abp Wojciech Ziemba oraz abp Józef Michalik i oczyścili się z zarzutów" - podkreśla. Historyk IPN prof. Jan Żaryn jest zwolennikiem ujawnienia raportu Kościelnej Komisji Historycznej. "Trzeba opublikować całe opracowanie, łącznie z nazwiskami kilkunastu biskupów, którzy zostali zarejestrowani jako współpracownicy SB i wyjaśnieniem okoliczności tych kontaktów. Inaczej takie artykuły jak na temat bp. Stefanka będą się ciągle ukazywać" - argumentuje. Prezes KAI Marcin Przeciszewski również zwraca uwagę na brak w artykule jakichkolwiek dowodów na współpracę biskupa z tajnymi służbami PRL. Podkreśla przy tym, że na człowieka trzeba patrzeć w kontekście całej jego działalności. "W okresie stanu wojennego bp Stefanek bardzo aktywnie wspierał działaczy "Solidarności" na Pomorzu Zachodnim, którzy byli prześladowani przez komunistyczne władze" - przypomina.