Szczególna rola w ratowaniu zagrożonych zagładą przypadła im podczas trwającej dziewięć miesięcy – począwszy od września 1943 roku – niemieckiej okupacji Wiecznego Miasta. W tę współpracę z Papieżem włączali się prawie wszyscy ówcześni mieszkańcy Watykanu – także ci, którzy sami korzystali tam z papieskiej gościnności. Już w roku 1940, gdy Mussolini przystąpił do wojny po stronie Hitlera, misje dyplomatyczne państw walczących przeciw Niemcom musiały opuścić terytorium Włoch, włącznie ze stołecznym Rzymem. Dyplomaci akredytowani przy Stolicy Apostolskiej znaleźli wówczas schronienie w hospicjum św. Marty na terenie Państwa Watykańskiego. Byli tam też pracownicy polskiej ambasady przy Watykanie, wśród nich jej radca kanoniczny, ks. Walerian Meysztowicz. W swych wspomnieniach, zatytułowanych „Gawędy o czasach i ludziach”, pisze on: „Pamiętam Żyda, który zjawił się w moim pokoju w Watykanie – w obozowych pasiakach. «Jak się pan nazywa?» – spytałem. «Przepraszam, gdzie? W Polsce byłem Szwarc, na Węgrzech byłem ostatnio Roth, w Rumunii Calescu, a jutro, we Włoszech – sam nie wiem». I szła opowieść człowieka zaszczutego, któremu wymordowano wszystkich najbliższych, który cudem jakimś się ratuje (…) Jak tylu innych, został nakarmiony, mógł się umyć, przebrać w nowe ubranie – tych dostarczał zamieszkały w Campo Santo Teutonico w Watykanie ksiądz Irlandczyk. – Dostał paszport – z zostawionej nam rezerwy fałszywych paszportów. Dostał adres «meliny» w Rzymie. Gdy mrok zapadł, wśród grzecznie patrzących w gwiazdy gwardzistów szwajcarskich wyprowadzałem go na Plac św. Piotra. «Niechże Bóg prowadzi» – mówiłem ściskając na pożegnanie rękę nieszczęśliwca”. Wspomnienia ks. Meysztowicza wyraźnie świadczą, że niosąc pomoc Żydom Pius XII mógł w Watykanie liczyć na wielu „wspólników”. Dawali oni prześladowanym pożywienie, odzież, fałszywe dokumenty, wskazówki, jak i pod jakim adresem ratować zagrożone życie. Gwardziści szwajcarscy – zresztą niemieckojęzyczni, bo do Gwardii zaciągano wtedy wyłącznie z kantonów języka niemieckiego – wiedzieli, jak „grzecznie patrzeć na gwiazdy”, by nie zauważać prowadzonych w stronę bezpiecznego schronienia uciekinierów. Warta uwagi jest też wzmianka, że irlandzki ksiądz dostarczający odzieży dla proszących o pomoc Żydów zamieszkiwał na terenie Państwa Watykańskiego w niemieckim kolegium przy cmentarzu Campo Santo Teutonico. Te „niemieckie” akcenty nie dziwią, jeśli zważyć, że Pius XII potrafił wciągnąć w swe działania na rzecz Żydów nawet kogoś takiego, jak bp Alois Hudal. Ten austriacki duchowny już od dojścia Hitlera do władzy popierał jego ideę tworzenia „Wielkich Niemiec” i był zwolennikiem włączenia Austrii do III Rzeszy. Pozytywnie oceniał większość członków NSDAP, też samego „Führera”.

Krytycznie odnosił się tylko do takich neopogańskich, rasistowskich ideologów, jak Alfred Rosenberg. Uważał ich za skrajne skrzydło partii hitlerowskiej, którą poza tym pochwalał zwłaszcza za walkę z komunizmem. Był biskupem tytularnym i kierował duszpasterstwem niemieckich katolików przy rzymskim kościele Santa Maria dell’Anima. Miał licznych przyjaciół wśród wysoko postawionych nazistów, a po wojnie wielu z nich pomógł zbiec przed wymiarem sprawiedliwości. Pius XII nie uległ jego sugestiom, by Kościół wspólnie z Hitlerem prowadził antykomunistyczną krucjatę. Jednak podczas niemieckiej okupacji Rzymu korzystał z pośrednictwa bp. Hudala. Kiedy 16 października 1943 r. dowiedział się o przeprowadzonych nocą aresztowaniach i deportacji Żydów, wysłał do niego swego bratanka Carlo Pacellego. Z nakazu Papieża bp Hudal udał się do dowodzącego tu wówczas siłami niemieckimi gen. Rainera Stahela – tego samego, który stał później na ich czele w Warszawie – i skierował do niego prośbę, by takich akcji na przyszłość zaniechano, szanując szczególny charakter Wiecznego Miasta. Interwencja poskutkowała. Prohitlerowski duchowny przyczynił się w ten sposób do uratowania licznych rzymskich Żydów. Pius XII miał doświadczenie watykańskiego dyplomaty i to tłumaczy, dlaczego posługiwał się pośrednictwem także takich ludzi, jak bp Hudal. Papieżowi zależało na utrzymaniu kanałów dyplomatycznych, by mieć kontakty i możliwość działania w Niemczech i krajach przez nich okupowanych czy z nimi sprzymierzonych. W III Rzeszy interwencji w obronie Żydów próbował w ministerstwie spraw zagranicznych nuncjusz Cesare Orsenigo, lecz niestety bez skutku. Na Węgrzech wysiłki takie podejmował tamtejszy nuncjusz Angelo Rotta. Gdy w 1944 r. Niemcy deportowali stamtąd Żydów, Papież w liście do regenta Miklósa Horthy’ego prosił o zapobieżenie prześladowaniom rasowym. Starał się też wpłynąć przez nuncjusza na biskupów, by im przeciwdziałali. Ostatecznie rząd węgierski w obawie przed protestami Kościoła wstrzymał wywózki katolików żydowskiego pochodzenia. Abp Rotta na różne sposoby współdziałał w ratowaniu węgierskich Żydów. Później otrzymał za to w Izraelu tytuł „Sprawiedliwego wśród narodów świata”. Pewne pozytywne skutki odniosła interwencja papieskiego przedstawiciela w sprawie wywożonych ze sprzymierzonej z Hitlerem Słowacji u jej prezydenta, ks. Jozefa Tiso. Mniejsze rezultaty osiągnął wizytator apostolski, o. Giuseppe Ramiro Marcone OSB, u stojącego na czele Chorwacji przywódcy ustaszy, Ante Pavelicia. Jego rząd pozostawał bowiem pod ścisłą hitlerowską kontrolą. Takich działań ludzi Kościoła z ramienia Papieża było więcej. W gronie papieskich współpracowników, którzy brali w tym czynny udział, znaleźli się też jego dwaj bezpośredni następcy, którzy później wiele zrobią dla dialogu katolicko-żydowskiego. Delegatem apostolskim w Turcji i Grecji, a potem nuncjuszem we Francji był Angelo Roncalli, przyszły Jan XXIII, zaś w Watykanie do osób najbliższych Piusowi XII należał Giovanni Battista Montini, przyszły Paweł VI. Do tych postaci jeszcze powrócimy. Aleksander Kowalski