Natomiast pierwsza Msza św. zostanie odprawiona przy tym ołtarzu 11 maja, podczas centralnych uroczystości ku czci św. Stanisława. Poprzedzi ją tradycyjna procesja z Wawelu na Skałkę. Ołtarz Trzech Tysiącleci wzniesiono według projektu prof. Wincentego Kućmy z zespołem. Budowla ma charakter wielofunkcyjny, może służyć liturgii, ale także wydarzeniom artystycznym np. koncertom. Zajmuje powierzchnię tysiąca metrów kwadratowych i przewidziano 500 miejsc siedzących. Zadaszenie ołtarza w najwyższym punkcie osiąga wysokość 12 metrów. Tylną ścianę ołtarza wyznacza siedem filarów wzniesionych na wysokość z 8 metrów z litych bloków kamiennych, nawiązujących do kolumnady Berniniego na Placu św. Piotra w Rzymie. Przy filarach umieszczono posągi świętych i błogosławionych. Trzy centralne filary z różowego kamienia swoim kolorem symbolizują męczeństwo umieszczonych na nich postaci głównych patronów Polski i duchowych opiekunów trzech tysiącleci chrześcijaństwa. Centralnie umieszczono rzeźbę św. Stanisława biskupa męczennika, z lewej - św. Wojciecha, a z prawej - sługi Bożego Jana Pawła II, nawiązując do zamachu na jego życie 13 maja 1981 r. Cztery kolejne rzeźby przedstawiają świętych związanych z Krakowem i zakonem paulinów: św. Jadwigę królową, św. s. Faustynę Kowalską, św. Jana Kantego i o. Augustyna Kordeckiego. Natomiast mensa ołtarzowa, ambonka i postument na relikwiarze świętych, jakie niesione są w corocznej procesji z Wawelu na Skałkę nawiązują do symboliki Trójcy Świętej. Pomysłodawcą budowy Ołtarza Trzech Tysiącleci jest przeor klasztoru paulinów na Skałce o. Andrzej Napiórkowski.