Jej autorami są Barbara i Jarosław Kłaputowie, którzy projektowali między innymi Muzeum Powstania Warszawskiego. Muzeum w Wadowicach będzie nowoczesne, w pełni korzystające z technik multimedialnych. Będzie nawet symboliczne odwzorowanie komnaty grobowej Jana Pawła II w Watykanie. Placówka powiększy powierzchnię prawie czterokrotnie. Projektanci zaplanowali rozbudowę piwnic, adaptację poddasza oraz przykrycie dachem wewnętrznego dziedzińca. Odtworzone zostanie mieszkanie Wojtyłów, ekspozycja przypomni trudne chwile z życia Jana Pawła II. Nie zabraknie informacji o rodzinie przedwojennych właścicieli domu, żydowskiej rodzinie Bałamuthów. Muzeum będzie wyposażone w klimatyzację, monitoring, zostanie też przystosowane dla osób niepełnosprawnych. Remont rozpocznie się jesienią, potrwa do 2010 roku i pochłonąć ma 21 min zł. Sfinansuje go Fundacja Ryszarda Krauze.