Krypta z pewnością jest starsza niż sama kaplica, której znany nam dzisiaj kształt nadano w wieku XVII. Powstała być może już w XV w. W wykutych w skale niszach spoczywały doczesne szczątki kolejnych pokoleń zakonników żyjących na Jasnej Górze. „Kiedy rozbudowywano Kaplicę Matki Bożej, jej część barokową w XVII w., tutaj wykonano kryptę grzebalną dla zmarłych zakonników. Przez środek przebiega ściana, w której znajdują się wnęki. Około stu lat trzeba było, aby opróżnić to miejsce. Prochy, które ocalały, wyjmowano z tych wnęk i umieszczano w urnach” – powiedział o. Stanisław Rudziński. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Tradycyjnie w Dzień Zaduszny zakonnicy odprawiają w krypcie Msze św. w intencji zmarłych współbraci. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano prochy mnichów. „Ja zawsze w tym miejscu myślę o wszystkich pielgrzymach, którzy przybywali w ciągu roku i modlili się tutaj. Polecam wszystkich, którzy zostali odwołani do pełni życia, zakończyli ziemską pielgrzymkę. Modlimy się i za nich, i razem z nimi” – podkreślił o. Zachariasz Jabłoński. Jasnogórska krypta cieszy się dużym zainteresowaniem pielgrzymów. Jak szacują paulini, każdego roku do podziemi schodzi kilkanaście tysięcy osób.