Na liturgię pod przewodnictwem metropolity warszawskiego abp. Kazimierza Nycza przybyli zwierzchnicy Kościołów: prawosławnego i ewangelickich w Polsce a także przedstawiciele innych wyznań: baptyści, mariawici, polsko-katolicy. Eucharystia o jedność chrześcijan sprawowana była w tym samym czasie, co ekumeniczne nieszpory w rzymskiej bazylice św. Pawła za murami, którym przewodniczył papież Benedykt XVI. Msza rozpoczęła się uroczystą procesją, w której wraz z duchownymi katolickimi szli duchowni z innych Kościołów chrześcijańskich. Podczas aktu pokuty abp Nycz wezwał zgromadzonych w katedrze do przeproszenia Boga za „skandal podziałów między uczniami Chrystusa”. – Zapytajmy nasze sumienia o drogi nawrócenia osobistego, społecznego i kościelnego, którymi powinniśmy kroczyć – mówił. Niezwykle uroczysta była procesja z Ewangeliarzem, z którego diakon odczytał tekst Ewangelii. Następnie, choć to na ogół nie zdarza się na katolickiej Mszy, to jednak w myśl zasady wymiany kaznodziejów praktykowanej na nabożeństwach ekumenicznych, kazanie wygłosił przedstawiciel innego wyznania chrześcijańskiego. Kaznodzieją był zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Reformowanego bp Marek Izdebski. Odwołując się do tematu „Chrześcijanie głoszą nadzieję w podzielonym świecie” zaproponowanego na ósmy dzień obchodów Tygodnia Modlitw powiedział, że niezależnie od różnic, które – jak się wyraził – zawsze będą, bo jesteśmy ludźmi grzesznym, to zgromadziliśmy się jako wyznawcy Jezusa Chrystusa. Poprzez podkreślanie różnic tworzymy jakby nowe podziały pomiędzy nami – mówił. Jego zdaniem, powinniśmy koncentrować się na tym, co nas łączy: wierze w jednego Boga, wierze w Jezusa Chrystusa – Zbawiciela, oczekiwaniu „nowego nieba i nowej ziemi”. Bp Izdebski mówił również o tym, że chrześcijanie mogą dawać nadzieję podzielonemu światu. – My chrześcijanie mamy przesłanie zarówno dla skrzywdzonych i poniżanych jak i dla krzywdzicieli. Tym pierwszym głosimy wyzwolenie z okowów ucisku, tym drugim - istnienie możliwości wyjścia z kręgu zła i zwrotu ku dobru – mówił. Przykładem tego może być postać wspominanego dziś św. Pawła.

Po wyznaniu wiary, przedstawiciele różnych wyznań wypowiedzieli słowa modlitwy powszechnej w różnych intencjach. Jako pierwszy modlił się biskup luterański w intencji całego Kościoła i wszystkich chrześcijan, potem mariawita wypowiedział modlitwę za papieża Benedykta XVI i zwierzchników Kościołów chrześcijańskich. Biskup ewangelicko-metodystyczny modlił się o pokój na Bliskim Wschodzie, poszanowanie praw człowieka, przezwyciężanie różnic rasowych i religijnych a duchowny prawosławny w intencji ludzi potrzebujących pomocy. Ostatnią prośbę do Boga - w intencji zebranych na ekumenicznej modlitwie wypowiedział duchowny z Kościoła polskokatolickiego. Wymownym akcentem, który poprzedził udzielenie uroczystego błogosławieństwa na zakończenie Mszy, było złożenie przed ołtarzem krzyża z wielu kawałków drewna. Wraz z abp Nyczem liturgię koncelebrowali: abp Henryk Hoser – biskup warszawsko-praski, bp Tadeusz Piskus – przewodniczący Rady Episkopatu Polski ds. Ekumenizmu oraz 18 księży katolickich. W liturgii uczestniczyli także: abp Sawa – prawosławny metropolita Warszawy i całej Polski, bp Janusz Jagucki, zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, bp Marek Izdebski – zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Reformowanego oraz bp Edward Puślecki – zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Metodystycznego. Obecni byli przedstawiciele Starokatolickiego Kościoła Mariawitów, Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego, Kościoła Chrześcijan Baptystów. Do katedry św. Floriana przybył także proboszcz pobliskiej parafii prawosławnej pw. św. Marii Magdaleny – ks. Anatol Szydłowski.