"Rzeczpospolita" powołuje się na fakty i dokumenty IPN: W komunikacie Biura Prasowego Sekretariatu Episkopatu z 22 października 1984 (jeszcze przed odnalezieniem zwłok księdza) można było przeczytać, że "Posiadane dotychczas wiadomości o okolicznościach porwania wskazują na to, że sprawcy działali z motywów politycznych". W stenogramach z XVII Plenarnego Posiedzenia KC PZPR (4 dni przed wyłowieniem ciała) zapisano słowa gen. Jaruzelskiego: "Myślę, że (...) prymas potrafi współdziałać z nami, żeby w interesie ogólnym, w interesie narodu, nie dopuścić do nieobliczalnego biegu wydarzeń". W dokumentach Wydziału XI Departamentu I Służby Bezpieczeństwa (wywiadu cywilnego) znajduje się informacja z 4 czerwca 1986 r., pochodząca ze źródła o kryptonimie "Sanyo" (wg "Rzeczpospolitej mógł to być podsłuch). "Episkopat zbiera dokumentację do wystąpienia do Watykanu z wnioskiem o beatyfikację kard. Wyszyńskiego. Kaston College [...] podejmowało inicjatywy, by opóźnić składanie tego wniosku, połączyć go z jednoczesnym wnioskiem beatyfikacji Popiełuszki. Kardynał Glemp wypowiedział się, iż dopóki on jest prymasem - nie może być o tym mowy, nie dopuści do tego" – czytamy w dokumencie udostępnionym "Rzeczpospolitej" przez Sławomira Cenckiewicza. Dla pełnego udokumentowania tezy gazeta dodaje też zdanie z dziennika ks. Popiełuszki: „Zarzuty mi postawione zwaliły mnie z nóg. SB na przesłuchaniu szanowało mnie bardziej” i komentarz jego przyjaciela, ks. Jana Sikorskiego, który mówi: – [Ks. Jerzy] płakał i u mnie po spotkaniu z księdzem prymasem. Byłem przypadkowym świadkiem tego spotkania. Wychodziłem z nim z seminarium, kiedy z przeciwka szedł ksiądz prymas, i natknęliśmy się na siebie. I powiedział: "a to chodź, to porozmawiamy", i wziął go ksiądz prymas do rozmównicy. Jerzy potem przyszedł do mnie do mieszkania, był bardzo przejęty tym, że – jak mówił – nie został zrozumiany. "Rzeczpospolita" dodaje jeszcze fakt, że proces beatyfikacyjny księdza rozpoczął się dopiero 12 lat po jego śmierci, mimo wcześniejszych próśb wiernych. Cztery lata później zakończył się etap diecezjalny, jednak positio do Rzymu dostarczył dopiero abp Nycz - zauważa gazeta.

Gazeta podaje też informacje pochodzące od "dwóch duchownych znających kulisy procesu", że "największą przeszkodą na drodze do wyniesienia na ołtarze była odmowa prymasa złożenia zeznań w procesie". - Jeden z włoskich prałatów zajmujących się takimi procesami stwierdził, że pierwszy raz spotyka się z sytuacją, w której znaki wskazują na to, iż Bóg chce wyniesienia na ołtarze, a sprzeciwia się temu człowiek – powiedział "Rzeczpospolitej" anonimowy ksiądz "znający kulisy procesu". Poprosił on o nieujawnianie nazwiska ze względu na fakt, że procesy kanonizacyjne objęte są tajemnicą. Ostatecznie w Rzymie uznano, że wobec innych dowodów brak zeznań nie będzie przeszkodą. Podobnie postąpiono już w przypadku Maksymiliana Kolbego, gdzie zeznań odmówiła część zakonników. Warto zacytować w tym kontekście fragment wywiadu, jakiego dla "Dziennika" (28.02.2009) udzielił ks. Jan Suchoń, który zajmował się dokumentacją procesu ks. Jerzego: - Prymas obejmował archidiecezję w dramatycznym czasie, w 1981 r., i zapewne czuł na sobie oddech wielkiego poprzednika kard. Wyszyńskiego. Bał się rozlewu krwi, rozruchów i czuł się odpowiedzialny za Kościół. Odczuwał też klin wbijany przez komunistów między kurię a ks. Popiełuszkę i innych księży z parafii św. Stanisława. - mówił ks. Sochoń. W odpowiedzi na sugestię "Dziennika", że prymas był wobec ks. Popiełuszki bezwzględny, powiedział: - To chyba zbyt mocno powiedziane. W kurii panowało wtedy przekonanie, że ks. Popiełuszko sprawia kłopoty. Komuniści cały czas skarżyli się, że to on przeszkadzają "normalizacji". 14 grudnia 1983 r. prymas spotkał się z ks. Jerzym i zwrócił mu uwagę, mówiąc: "Słuchaj, nie jesteś jedynym, który dobrze pracuje, są również inni, równie gorliwi i oni z pokorą spełniają swoje obowiązki". Ksiądz kardynał dodał też: "Ty i ja jesteśmy kapłanami i nie możemy zdradzić Chrystusa - ty w imię swoich, a ja w imię swoich racji". Ksiądz Jerzy wybiegł wtedy ze spotkania ze łzami w oczach, a w swoich zapiskach napisał bardzo gorzkie słowa: "Zarzuty mi postawione zwaliły mnie z nóg. SB na przesłuchaniu szanowała mnie bardziej". Dziennikarze zwykle na tym kończą, ale potem jest dodane: "Nie jest to oskarżenie. Jest to ból, który uważam za łaskę Boga prowadzącą do lepszego oczyszczenia się".