Choć całe swe życie poświęciła walce o polskość Orawy, pochowana jest w Krakowie, bo tu zmarła śmiercią męczeńską po  wielomiesięcznych brutalnych przesłuchaniach prowadzonych przez gestapo. Ich szczegóły znamy z pamiętnika ks. Ferdynanda Machaya, brata Józefy, który zdążył jeszcze odwiedzić ją w więziennym szpitalu, zanim dostała śmiertelny zastrzyk fenolu.

Na Montelupich Józefa zaprzyjaźniła się z Wandą Kurkiewiczową. To była krótka, ale bardzo intensywna znajomość. Obie panie, nawet rozdzielone, pisywały do siebie. Wanda wspomina, że Józefa miała cały czas przy sobie książkę „O naśladowaniu Chrystusa”. Pytana, dlaczego wciąż ją czyta, odpowiadała: „To mi się może bardzo przydać”. Kurkiewiczowa przyznaje, że pod wpływem Mikowej odnalazła Boga, zaczęła przyjmować Pana Jezusa codziennie. „Obserwując ją całe miesiące w bardzo trudnych warunkach więziennych, mówiłam sobie w duchu, że to właśnie jest prawdziwa chrześcijanka” – napisała o swojej przyjaciółce.