Tradycję kultu jego rodzinnego domu w tym miejscu potwierdzają starożytne teksty oraz badania archeologiczne. Od XVII w. sanktuarium narodzin Jana Chrzciciela znajduje się w rękach franciszkańskiej Kustodii Ziemi Świętej. Uroczystej Eucharystii przewodniczył o. Artemio Vítores, wikariusz Kustodii. Na pielgrzymkę do sanktuarium narodzin św. Jana licznie przybyli kapłani, bracia i siostry zakonne oraz lokalni wierni i pielgrzymi. W kazaniu o. Artemio wskazał Jana Chrzciciela jako przykład do naśladowania w pokornym i konsekwentnym realizowaniu własnego powołania, zwłaszcza przez kandydatów do kapłaństwa. Po homilii jedenastu alumnów międzynarodowego franciszkańskiego seminarium otrzymało posługę lektoratu i akolitatu. Wśród kandydatów było dwóch kleryków z Polski. Msza św. zakończyła się w grocie, która stanowi kryptę lewej nawy kościoła. Przy ołtarzu, pod którym znajduje się marmurowa płyta w kształcie promienistego słońca z napisem po łacinie: „Tutaj narodził się Poprzednik Pański”, została odśpiewana Ewangelia z hymnem Zachariasza: „Błogosławiony Pan Bóg Izraela” oraz dziękczynne Te Deum. W 1621 r. Kustodia Ziemi Świętej, dzięki zaangażowaniu i ofiarności Hiszpanii, wykupiła ruiny sanktuarium i wzniosła obecną świątynię. Grota z miejscem do żydowskich obmyć rytualnych oraz starożytna tłocznia wina i liczne przedmioty z epoki herodiańskiej, czyli z czasów Chrystusa, świadczą, że osadę zamieszkiwali religijni żydzi, a później poganie. Na uwagę zasługują bizantyńskie pozostałości kaplicy z mozaiką i napisem ku czci „męczenników Bożych”. Najważniejszą pamiątką przechowywaną w sanktuarium św. Jana jest naturalna grota tworząca dolną kaplicę lewej nawy kościoła i uznawana za część domu Zachariasza i Elżbiety.