Święcenia otrzymał w Poznaniu w Towarzystwie Chrystusowym 28 czerwca 1959 r. Sam wspomina, że powołanie do służby kapłańskiej czuł od dziecka. Już jako 13-latek wstąpił do Niższego Seminarium Duchownego Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej w Ziębicach koło Wrocławia.

Hierarcha wspomina, że do kościoła miał 8 km, ale nigdy nie opuszczał Mszy św. Z podziwem patrzył na chłopców służących do Mszy. - Ale najbardziej imponował mi ten stojący za ołtarzem – podkreśla. Wspomina też wizyty zakonników, którzy w jego rodzinnej parafii głosili nauki rekolekcyjne i misyjne.

Biskup łomżyński mówi, że od samego początku czuł na sobie „ciężar wyboru”, ale w tym wszystkim pomagała mu gorąca modlitwa matki. Rodzice byli dla niego największym autorytetem.

Pobyt w seminarium ożywił zamiłowanie kleryka do Biblii. - Pisma św. stało się moim życiem – mówi bp Stefanek. Dlatego tuż po święceniach kapłańskich ks. Stanisław Stefanek rozpoczął studia w sekcji antropologii biblijnej na KUL. W 1965 r. obronił pracę magisterską pt. „Pascha w najstarszych tradycjach biblijnych”. Tytuł doktora teologii otrzymał po obronie rozprawy pt: „Mowy Balaama w reinterpretacji prorockiej”.

Biskupia droga ks. Stefanka rozpoczęła się w Szczecinie – 4 lipca 1980 roku został mianowany biskupem pomocniczym w Szczecinie, 24 sierpnia tego roku został konsekrowany przez biskupa szczecińsko-kamieńskiego Kazimierza Majdańskiego w katedrze szczecińskiej. 26 października 1996 r. został biskupem łomżyńskim. Uroczysty ingres do katedry łomżyńskiej odbył 17 listopada 1996 r. Podczas swej posługi szczególną troską otoczył rodzinę – jest obecnie członkiem Papieskiej Rady ds. Rodziny i wiceprzewodniczącym Rady ds Rodziny KEP.