Pomysł poprawki konstytucyjnej umożliwiającej reelekcję głowy państwa od początku spotkał się ze sprzeciwami, a ogłoszenie plebiscytu na ten temat zostało uznane przez parlament i Najwyższy Trybunał Wyborczy za niezgodne z prawem. Zelaya twierdził, że ma w tej sprawie poparcie Kościoła, ale przedstawiciel episkopatu stanowczo temu zaprzeczył. Na koniec wypowiedziała się armia, która najpierw zablokowała możliwość przeprowadzenia głosowania 28 czerwca, a następnie aresztowała samego prezydenta, co poparł Najwyższy Trybunał Wyborczy. Zelaya został następnie wydalony z kraju. Jednocześnie parlament powołał na urząd głowy państwa Roberta Michelettiego, który wprowadził w kraju godzinę policyjną.

Ten zamach stanu spotkał się z zaniepokojeniem na arenie międzynarodowej, a prezydent Wenezueli Hugo Chávez zagroził nawet zbrojną interwencją w Hondurasie. „W tej traumatycznej dla regionu chwili módlmy się, aby powróciły pokój i stabilność” – stwierdził podczas konferencji prasowej pomocniczy biskup San Salvador Gregorio Rosa Chávez. Dodał on, że normalizacja sytuacji w Hondurasie przywróci nadzieję zwłaszcza ubogim we wszystkich krajach Ameryki Środkowej.