Jak podało Radio Zet, w wysłanym przed świętami liście do szefa MON Antoniego Macierewicza (do wiadomości m.in. premierów Słowacji i Polski) szef resortu obrony Słowacji Martin Glváč wezwał do zaprzestania "wszelkich niestandardowych działań" i przedstawienia zamiarów wszystkim krajom zaangażowanym w tworzenie Centrum. Zwrócił też uwagę, że ośrodek, tworzony z inicjatywy 10 państw NATO, to "niezależna międzynarodowa instytucja, w której jakiekolwiek zmiany winny być wdrażane zgodnie z międzynarodowymi porozumieniami".

Rzecznik prasowy MON Bartłomiej Misiewicz w przesłanym w czwartek PAP komunikacie poinformował, że w odpowiedzi na list wiceminister Tomasz Szatkowski, "na prośbę ministra Antoniego Macierewicza, skontaktował się z ministrem Martinem Glváčem i zapewnił go, że wszelkie działania, podejmowane przez kierownictwo polskiego MON dotyczą wyłącznie polskich pracowników, którzy utracili dostęp do informacji niejawnych, a tym samym możliwość pracy w Centrum Eksperckim Kontrwywiadu NATO". "Wiceminister Szatkowski poinformował też słowackiego ministra obrony, że nie były, nie są i nie będą podejmowane żadne działania dotyczące personelu strony słowackiej.

"Jesteśmy w bieżącym kontakcie ze słowackimi partnerami. Wszystkim nam zależy na jak najszybszej akredytacji CEK" - napisał Misiewicz.

Jak podało Radio Zet, w liście do swojego polskiego odpowiednika szef słowackiego resortu obrony podkreślił, że Centrum nie jest ani jednostka podległą, ani częścią organizacyjną polskiego MON, lecz inicjatywą 10 państw członkowskich. Napisał, że "nie później niż do końca stycznia 2016 roku" oczekuje przedstawienia wizji, w jaki sposób Polska jako kraj ramowy zamierza wnieść wkład wraz z innymi krajami zaangażowanymi w budowę ośrodka.

W nocy z 17 na 18 grudnia MON zmieniło kierownictwo Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO, tworzonego przez Polskę i Słowację jako państwa ramowe z udziałem ośmiu innych sojuszników.

Premier Beata Szydło oceniła wówczas, że to nic nadzwyczajnego, opozycja mówiła o skandalu zagrażającym wiarygodności Polski w NATO. Kwatera główna oceniła, że to sprawa dla polskich władz, bo centrum nie jest jeszcze akredytowane przy NATO.

Tydzień wcześniej został przez MON odwołany dotychczasowy dyrektor Centrum płk Krzysztof Dusza. Wszczęto wobec niego postępowanie kontrolne dotyczące dostępu do informacji niejawnych, co czasowo zawiesza dostęp do takich informacji. Płk Dusza mówił wtedy, że uważa odwołanie za nieskuteczne, bo nie otrzymał decyzji ministrów obrony Polski i Słowacji, a taki jest wymóg. Nie ma również - argumentował - opinii Komitetu Sterującego, ciała nadzorującego całość działań CEK, w którego skład wchodzi 10 krajów.

Przed Bożym Narodzeniem rzecznik MON poinformował, że złożył w prokuraturze zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa, m.in. naruszenia tajemnic przez byłe kierownictwo CEK NATO. Płk Dusza uważa, że działania MON i SKW przeciw niemu i personelowi CEK były bezprawne; zapowiedział skierowanie sprawy do sądu przeciw Misiewiczowi.

W środę Macierewicz powołał nowego pełnomocnika ds. Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu NATO i jednocześnie dyrektora Centrum. Został nim Mariusz Marasek, były poseł ZChN i Akcji Polskiej oraz członek Komisji Weryfikacyjnej Wojskowych Służb Informacyjnych. Sprawą zmian w CEK w styczniu 2016 r. ma się zająć sejmowa speckomisja, która zwróci się o informacje ze strony SKW.

Porozumienie o utworzeniu natowskiego Centrum Eksperckiego Kontrwywiadu (NATO Counter Intelligence Centre Of Exellence, NATO CI COE) podpisano pod koniec września w siedzibie sojuszniczego dowództwa ds. transformacji (ACT) w amerykańskim Norfolk. Kwatera główna Centrum ma się znajdować w Krakowie, część obiektów ulokowano na Słowacji, by wykorzystać tamtejszy ośrodek poligonowy. Poza Polską i Słowacją, które zostały państwami ramowymi, w powołanie Centrum włączyły się Czechy, Litwa, Niemcy, Rumunia, Słowenia, Węgry i Włochy.

Zadaniem tego typu centrów (polsko-słowacki ośrodek to 24. tego typu placówka), które nie podlegają wojskowym strukturom dowódczym NATO, jest ćwiczenie i edukacja specjalistów w krajów członkowskich i partnerskich, opracowywanie doktryn, praktyczne wykorzystanie dorobku ćwiczeń, i poprawa zdolności do sojuszniczego współdziałania.

Specjalności dotychczas działających centrów to m.in. obrona przed terroryzmem, medycyna wojskowa, żandarmeria, specyficzne operacje jak działania w niskich temperaturach, wojna w górach, połączone operacje morskie, wojna minowa czy przeciwdziałanie eksplozjom improwizowanych ładunków wybuchowych.

Zmiana szefa CEK NATO to nie jedyna zmiana personalna w MON i wojsku w ostatnim czasie. 24 grudnia minister Macierewicz odwołał i przeniósł do rezerwy kadrowej komendanta głównego Żandarmerii Wojskowej gen. bryg. Piotra Nideckiego, czasowe pełnienie tej funkcji powierzając płk. Tomaszowi Połuchowi, dotychczasowemu komendantowi Oddziału Specjalnego Żandarmerii Wojskowej w Warszawie.