Czenowi zarzucono sprzeniewierzenie w czasie sprawowania urzędu w latach 2000-2008 środków finansowych o równowartości 3,15 mln USD ze specjalnego funduszu biura prezydenta Tajwanu, a także przyjęcie łapówek na łączną sumę 9 mln USD oraz pranie brudnych pieniędzy za pośrednictwem kont w bankach szwajcarskich.

Czen nie przyznał się do żadnego punktu oskarżenia. Twierdzi, że proces jest wynikiem represji, spotykających go w związku z jego antychińskim stanowiskiem.

Były prezydent opowiadał się za proklamowaniem przez Tajwan formalnej niepodległości i oderwania wyspy od Chin, nadal uznających ją za swą prowincję. Następca Czena na urzędzie Ma Jing-cue (Ma Ying-jeou) jest gorącym rzecznikiem poprawy relacji Tajpej z Pekinem.