W uroczystej Mszy świętej, której przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, uczestniczyły siostry Bernardynki z Krakowa i całej Polski oraz ojcowie Bernardyni.

„Kościół – żywe ciało Chrystusa - jest dziś obecny na całej ziemi. Jest obecny również tu, we wspólnocie Sióstr Bernardynek, które przed pięciuset pięćdziesięciu laty zapuściły korzenie na krakowskiej ziemi. Właśnie tu w tym kościele, w tym klasztorze wytrysnęło przed pięciu wiekami mocne źródło życia nadprzyrodzonego” – przypomniał w homilii kard. Stanisław Dziwisz. „Siostry Bernardynki wiodąc życie kontemplacyjne przypominają nam, że wszyscy jesteśmy świątynią, w której mieszka Bóg. To jest wasza misja, wasze zadanie w Krakowie – przypominać, że Chrystus jest obecny w nas!” – powiedział metropolita krakowski.

Pierwszy kościół i klasztor sióstr bernardynek został wybudowany w 1459 roku przez Hińczę z Krakowa. Drewniane budynki spaliły się w pożarze w 1558 roku, na ich miejsce wzniesiono klasztor murowany, ale i on został zniszczony w czasie potopu szwedzkiego w 1655 roku. Wzniesiony ponownie, został jednak ostatecznie skasowany przez Austriaków w 1788 roku, a siostry Bernardynki przeniosły się na ulicę Poselską do klasztoru, który powstał w połowie XVII wieku dzięki staraniom przełożonej – Matki Teresy Zadzikównej, rodzonej siostry biskupa krakowskiego Jakuba Zadzika.

Dziś w barokowym kościele Sióstr Bernardynek rozwija się kult św. Józefa. Przed jego cudownym wizerunkiem wielokrotnie modlił się Ojciec Święty Jan Paweł II jako biskup pomocniczy i metropolita krakowski. Krakowski klasztor sióstr Bernardynek pod koniec XIX wieku stał się klasztorem macierzystym, z którego powstały klasztory w Zakliczynie nad Dunajcem i w Wieluniu. Krakowskie bernardynki wspierały także w odnowie klasztory w Wilnie i w Łowiczu.