Rogowski złożył oświadczenie lustracyjne rektorowi Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie w lutym 2008 roku. Napisał w nim, że nie był tajnym współpracownikiem służb bezpieczeństwa. Sąd uznając w poniedziałek, że oświadczenie to było niezgodne z prawdą, orzekł wobec Rogowskiego utratę prawa wybieralności do Sejmu, Senatu i Parlamentu Europejskiego oraz w wyborach samorządowych na trzy lata oraz zakaz pełnienia funkcji publicznych także na trzy lata.

Proces Rogowskiego toczył się za zamkniętymi drzwiami. Sąd wyłączył jawność uzasadnienia wyroku.

Z materiałów zgromadzonych przez IPN i ujawnionych przez jego pracownika Pawła Warota w regionalnym piśmie "Debata" wynika, że Rogowski współpracował z bezpieką przez osiem lat (od 1982 roku) jako TW "Kamil" i był cennym źródłem informacji o życiu warmińskiego Kościoła. Motywem współpracy księdza ze Służbą Bezpieczeństwa miała być chęć otrzymywania paszportu na zagraniczne wyjazdy i kursy językowe.

Pełnomocnik lustrowanego mec. Małgorzata Gryczewska zapowiedziała apelację.