W 2008 roku kontrolerzy z Ministerstwa Sprawiedliwości sprawdzili, co dzieje się z aktami w warszawskiej kancelarii tajnej pionu do zwalczania przestępczości zorganizowanej. Okazało się, że akta ze śledztwa przeciwko mafii nie były ewidencjonowane. Z kolei 1029 stron i kart ze śledztwa w sprawie mordu na gen. Papale nie wiadomo w jaki sposób i kiedy znalazły się w tej kancelarii, chociaż formalnie powinny być zupełnie gdzie indziej.

Podobne nieprawidłowości kontrolerzy odkryli w tajnej kancelarii w Białymstoku. Brakowało tam dokumentów z afery Rywina czy pierwszej afery hazardowej. Pracownicy z trudem przypominali sobie, gdzie mogą one być. Tak samo jak w warszawskiej prokuraturze znajdowały się tam nierejestrowane akta - zaznacza gazeta.